슈퍼맨과 조드 장군의 격렬한 전투 이후 메트로폴리스는 파괴되었고 슈퍼맨은 세계 최고 논쟁의 인물이 되어 버린다. 검증되지 않은 신과 같은 능력을 지닌 슈퍼맨의 등장에 사람들은 두려움에 빠지게 된다. 한편 배트맨은 그 동안 타락했던 많은 자들처럼 슈퍼맨 역시 언젠가 타락을 할 것이라 생각하며 사회에서 가장 위험한 존재로 여긴다. 세계의 미래를 위해 무모하고 제어할 수 없는 힘을 가진 슈퍼맨으로 인해 벌어졌던 일들을 바로 잡으려 한다. 배트맨과 슈퍼맨이 격돌하는 사이 인류를 위협할 새로운 위기가 빠르게 부상하기 시작하는데...
10년 전 지구에 퍼진 바이러스로 인해 인간과 괴생명체들의 치열한 싸움이 계속되고 있다. 감염지역은 전세계로 퍼져나갔고 중동지역에서는 괴생명체를 제거하기 위해 파병된 군인들이 마을과 인명을 앗아간다는 이유로 대규모의 반란군이 일어났다. 괴물과 인간을 적으로 두고 싸워야하는 군인들의 처절하고도 암담한 전투 속에 마이클 이병은 전우를 잃고, 부대 지휘관 프레이터 하사는 인간성을 잃어가는데...
