마법 세계와 비마법 세계의 공존을 깨려고 했던 강력한 어둠의 마법사 겔러트 그린델왈드는 뉴트 스캐맨더와 미국 마법부 의회에 의해 붙잡혔지만, 유럽으로 이송하는 과정에서 탈출하고 만다. 그린델왈드의 탈출 목적은 프랑스 파리에 머무는 것으로 추정되는 크레덴스를 포섭해 자신의 수하로 삼는 것. 영국으로 돌아왔던 뉴트는 덤블도어 교수로부터 자신은 나설 수 없으니 그린델왈드에 맞서달라는 지령을 받고 역시 파리로 향한다. 뉴트의 친구들, 제이콥과 퀴니, 그리고 오러로 복귀한 티나도 순혈 마법사의 세력을 모아 마법을 사용하지 않는 사람들을 지배하려는 그린델왈드의 야욕을 막기 위해 파리로 향하는데...
두 개의 차원이 공존하는 세상. 악의 세력이 세상의 균형을 유지하는 다크타워를 파괴하려 하고, 이를 수호하려는 건슬링어들은 모두 죽임을 당한다. 유일하게 혼자 살아남은 최후의 건슬링어 롤랜드는 마지막 예지자 아라 캠피그넌에 의해 자신의 숙명을 깨닫고 홀로 악의 추종자인 맨인블랙 월터에 맞선다. 맨인블랙인 월터는 세상을 완전히 무너뜨리기 위해 차원을 넘나들며 끊임없이 다크타워를 파괴하려는 계획을 세우고, 이 사실을 알게 된 건슬링어 롤랜드는 그에 맞서기 위해 두 개의 세상을 오가는데…
모든 감정이 통제되고, 사랑만이 유일한 범죄가 된 감정통제구역. 어느 날 동료의 죽음을 목격한 사일러스(니콜라스 홀트)는 현장에서 니아(크리스틴 스튜어트)의 미묘한 표정 변화를 보고 그녀가 감정보균자임을 알게 된다. 이 감정을 기억해 니아를 관찰하던 사일러스는 생전 처음으로 낯선 감정을 느끼고 감정 억제 치료를 받지만, 니아를 향한 마음은 점점 커져만 간다. 처음으로 사랑이란 감정을 느끼게 된 사일러스와 니아는 서로의 마음을 확인하고 사랑을 나누지만 뜻하지 않은 위기에 처한다. 결국 두 사람은 사랑을 지키기 위한 탈출을 결심하는데...
토니 스타크는 뉴욕전쟁 때와 같은 사태가 벌어지지 않도록 한때 가동하려다 중단된 휴면 상태의 평화 유지 프로그램을 작동 시키려 한다. 배너 박사와 함께 지구를 지킬 최강의 인공지능 울트론을 탄생시키게 되지만, 울트론은 예상과 다르게 지배를 벗어나 폭주하기 시작하고 어벤져스는 지구의 운명이 걸린 거대한 시험대에 오르게 된다. 울트론이 자신을 복제해 위협을 가하자 이를 저지하기 위해 아이언맨, 캡틴 아메리카, 토르, 헐크, 블랙위도우, 호크아이 등으로 구성된 어벤져스와 새로 합류하게 되는 퀵 실버, 스칼렛 위치 남매와 불안한 동맹을 맺는다.
