언제나처럼 개구리 커미트와 미스 피기는 사랑에 빠지고, 다른 머펫 친구들은 유쾌한 소동과 가무를 선사하며, 가끔 유명한 배우들이 톡톡 카메오로 등장합니다. 이 영화만의 차별화되는 기둥 줄거리가 있다면 [그레이트 머펫 케이퍼]가 '탐정 물'이라는 것. 머펫 일행은 레이디 홀리데이의 사라진 보석을 둘러싼 음모에 말려들고 미스 피기는 보석 도둑의 누명을 뒤집어 쓰는데..
21세기의 세계는 에너지, 수송, 식량, 통신 등이 대기업에 의해 관리, 통제되고 있었다. 그것으로부테 기업전쟁도 국제 전쟁도 없고 기아 환경 오염, 인구 증가의 걱정도 없는 생활이지만 인간이 가진 잠재적 투쟁심은 격한 충동적인 모든 폭력 행위가 허용되는 '롤러볼'이라고 하는 잔인한 게임을 탄생시킨다. 이 게임의 슈퍼 히어로 죠나단(Jonathan E.: 제임스 칸 분)은 에너지 부문의 휴스톤 팀의 소속팀을 연전연승으로 이끄 기업으로부터 은퇴를 권유받는다. 그의 독립심에서 오는 개인 플레이나 압도적 투쟁력은 개인의 의지에 어긋난다고 하는 것이다. 이에 조나단은 반항심으로 기업에 대한 보복을 시작한다.
