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서기 2654년, 지구의 연합국 기지 페가수스는 악으로 뭉친 에일리언 킬라트의 갑작스런 공격을 받고, 방어할 태세조차 갖추지 못해 무참히 파괴된다. 에일리언 킬라트는 설상가상으로 짧은 시간안에 지구로 진입할 수 있는 최첨단 컴퓨터 항해 장치인 나브컴을 강탈해 간다. 필그림의 피를 이어받은 신참 조종사 블레어는 에일리언 킬라트가 나브컴을 강탈해서 지구를 정복할 것이라는 내용이 담긴 마이크로 디스크를 우주 전사들의 전투 기지인 타이거 크로의 함장 산스키에게 전달하라는 명령을 받는다.우주의 시간과 공간에 대한 타고난 감각을 가지고 블레어는 6개월이 걸리는 공간을 나브컴 없이 단 3초만에 공간이동을 하는데 성공한다. 마침내 전투기지 타이거 크로에 도착한 블레어는 함장 산스키에게 마이크로 디스크를 건네고 타이거 크로의 전투부대 윙 커맨더에 합류하게 된다. 미모의 윙 커맨더 소령 엔젤의 지휘 아래 킬라트와의 전투에 참여한 블레어는 같이 전투에 참가했던 강인하면서도 아름다운 그녀에게 마음을 사로잡히게 된다.
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테러리스트 사이먼(제레미 아이언스)은 뉴욕 곳곳에 폭탄을 설치해 놓고 맥클레인(브루스 윌리스) 형사에게 복수를 시작한다. 사이먼은 맥클레인이 1편에서 죽인 테러리스트의 형. 초등학교에 설치된 폭발물을 찾기 위해 온 뉴욕의 경찰들이 동원되는 동안 사이먼은 연방 은행의 금괴를 털어 유유히 사라진다. 사이먼의 계획을 눈치 챈 맥클레인은 도주 중인 사이먼의 배에 타지만 오히려 폭발물이 잔뜩 실린 배에 갇히게 된다. 구사일생으로 탈출한 사이먼은 진짜 금을 숨겨놓은 사이먼의 아지트를 찾아내고, 맥클레인과 사이먼의 마지막 혈전이 벌어지는데...
