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어느날, 이집트 사막의 한 가운데에서 신비한 원형의 인공물이 발견된다. 그 후, 고대 이집트의 피라미드 연구 전문가인 청년 학자 잭슨(Dr. Daniel Jackson: 제임스 스페이더 분)은 연구발표회를 갖지만 너무 급진전한 논리로 학계에서 인정을 받지 못한다. 그의 연구에 관심을 보인 것은 뜻밖에도 공군특수 연구소. 그곳 비밀 지하 기지에는 이집트 사막에서 발견된 원형 인공물을 연구 중이었다. 공군은 잭슨의 머리로 마침내 그것이 4차원 세계로 갈 수 있는 물체임을 알고 '스타게이트'로 명명한다. 잭슨은 여행의 목적도 잘 모르는 채 오닐 대령(Colonel Jonathan "Jack" O'Neil: 커트 러셀 분)이 이끄는 특수대원들과 함께 4차원 세계로 들어가 사막으로 된 낯선 위성에 도착한다. 그곳에서, 그 옛날 외계 생명체가 지구로 와서 스스로를 고대 이집트의 신인 '라'(Ra: 제이 데이비슨 분)로 위장하고 이집트인들을 데려다 노예로 부리고 있었다. 잭슨과 오닐은 노예들을 설득하여 라에게 도전하도록 만든다. 위기를 느낀 라는 가공할 폭탄을 지구로 보내서 지구를 파멸시키려고 하지만 오닐의 방해로 실패하자 피라미드 우주선을 타고 도망친다. 잭슨은 그 가공할 무기를 피라미드 위성에 폭발시켜 라를 처치하고 노예들을 해방시킨다.
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전편에서 인체 전송을 연구하다 파리와 합성되어 버린 과학자 세스 브런들이 여기자 린다에게 임신시켰던 아이가 파리의 유충같은 번데기에 싸여 탄생한다. 린다는 출산 직후 사망하고 번데기에서 나온 아기 마틴은 바톡이라는 사람이 경영하는 유전공학 업체(Bartok Industries)의 연구실에서 키워진다. 마틴은 몸 속의 돌연변이 유전자의 영향으로 매우 빠르게 성장하여 다섯살 때 이미 성인의 모습이 된다. 지능지수도 상상을 초월하여 정도로 높아, 그가 다섯살이 되는 날, 바톡은 그를 인체 전송연구 책임자로 임자로 임명한다. 자신의 출생의 비밀을 모르는채, 아버지가 아무에게도 알려주지 않고 가버린 인체전송 프로그램의 운용법을 연구하기 시작한 마틴은, 회사의 신입사원으로 야간근무를 하는 베스라는 여직원을 알게되어 사랑에 빠진다. 그러던 어느날 베스의 초대로 회사내 표본 부서의 파티에 참석했다가 표본우리에 갇혀있는 괴물로 변한 개를 목격하는데, 그 개는 마틴이 어렸을 때 귀여워 했으며, 당시 우연히 목격한 전송실험중에 괴물로 변하는 것을 보고 충격을 받아야 했던 바로 그 개다. 마틴은 표본우리에 몰래 들어가 눈물을 흘리며 개를 안락사 시키고 바톡에게는 모르는 일이라며 거짓말한다. 아무튼 전송 프로그램의 비밀을 풀어 유기체의 완벽한 전송에 성공한 마틴은 자기만이 그 프로그램 화일을 열 수 있도록 패스워드를 심어놓고, 다른 사람이 틀린 패스워드를 넣을 경우 프로그램이 모두 파괴되도록 부비트랩까지 설치해 놓는다. 잠복성이었던 염색체들이 활동을 개시하면서 파리로 변해가는 과정이 시작되자 치료방법을 알기 위해 전송프로그램을 연구한 끝에, 전송장치 속에 정상인과 돌연변이 DNA와 바꿔치기 하는 방법밖에 없다는 해답을 얻는다. 마틴은 자신이 잔인한 실험의 대상임과 함께 풀 수 없었던 전송장치의 비밀을 자신을 통해 풀려했던 비인간적인 과학자의 흑심에 대한 복수가 시작된다.
