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환상과 모험, 꿈과 희망을 싣고 떠난다! 북극행 크리스마스 특급열차 폴라 익스프레스!! “기차가 어디로 가는지는 중요하지 않아. 중요한 건 그 기차에 올라 타겠다고 결심하는 거지!” 눈 오는 크리스마스 이브, 한 소년이 잠에서 깨어 뭔가를 기다리고 있다. 그것은 바로 산타의 썰매소리!! '과연 내가 그 소리를 들을 수 있을까?' 자정을 5분 남겨둔 시각, 갑자기 들리는 굉음에 소년은 화들짝 놀라 유리창의 성에를 닦고 밖을 내다보니 눈 앞에서 펼쳐진 건 너무나 놀라운 광경! 검은색 기차가 거친 엔진소리를 내뿜으며 그의 집 앞에 멈춰서는 것이 아닌가? 소년은 잠옷 차림에 슬리퍼를 신고 뛰어나간다. 기차의 차장은 소년을 기다리고 있었다는 듯 말을 건넨다. '탈 거니?' '어디로 가는 거죠?' 소년이 묻자 차장은 대답한다. '물론 북극으로 가는 거지. 이건 북극행 특급열차 폴라 익스프레스야!' 소년은 폴라 익스프레스를 타고 기나긴 여행길에 오른다. 그리고 그 여행길에서 소년은 인생의 놀라운 신비를 발견하면서 차츰 자아를 찾게 되는데…
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전편에서 인체 전송을 연구하다 파리와 합성되어 버린 과학자 세스 브런들이 여기자 린다에게 임신시켰던 아이가 파리의 유충같은 번데기에 싸여 탄생한다. 린다는 출산 직후 사망하고 번데기에서 나온 아기 마틴은 바톡이라는 사람이 경영하는 유전공학 업체(Bartok Industries)의 연구실에서 키워진다. 마틴은 몸 속의 돌연변이 유전자의 영향으로 매우 빠르게 성장하여 다섯살 때 이미 성인의 모습이 된다. 지능지수도 상상을 초월하여 정도로 높아, 그가 다섯살이 되는 날, 바톡은 그를 인체 전송연구 책임자로 임자로 임명한다. 자신의 출생의 비밀을 모르는채, 아버지가 아무에게도 알려주지 않고 가버린 인체전송 프로그램의 운용법을 연구하기 시작한 마틴은, 회사의 신입사원으로 야간근무를 하는 베스라는 여직원을 알게되어 사랑에 빠진다. 그러던 어느날 베스의 초대로 회사내 표본 부서의 파티에 참석했다가 표본우리에 갇혀있는 괴물로 변한 개를 목격하는데, 그 개는 마틴이 어렸을 때 귀여워 했으며, 당시 우연히 목격한 전송실험중에 괴물로 변하는 것을 보고 충격을 받아야 했던 바로 그 개다. 마틴은 표본우리에 몰래 들어가 눈물을 흘리며 개를 안락사 시키고 바톡에게는 모르는 일이라며 거짓말한다. 아무튼 전송 프로그램의 비밀을 풀어 유기체의 완벽한 전송에 성공한 마틴은 자기만이 그 프로그램 화일을 열 수 있도록 패스워드를 심어놓고, 다른 사람이 틀린 패스워드를 넣을 경우 프로그램이 모두 파괴되도록 부비트랩까지 설치해 놓는다. 잠복성이었던 염색체들이 활동을 개시하면서 파리로 변해가는 과정이 시작되자 치료방법을 알기 위해 전송프로그램을 연구한 끝에, 전송장치 속에 정상인과 돌연변이 DNA와 바꿔치기 하는 방법밖에 없다는 해답을 얻는다. 마틴은 자신이 잔인한 실험의 대상임과 함께 풀 수 없었던 전송장치의 비밀을 자신을 통해 풀려했던 비인간적인 과학자의 흑심에 대한 복수가 시작된다.
