도쿄만 일대에서 레이버가 습격을 받는 사건들이 발생하자 죠오난 서의 형사, 쿠스미와 하타가 조사에 나서지만 난관에 부딪힌다. 한편 하타는 대학강사인 사에코를 만나 점점 그녀에게 빠지게 된다. 조사를 계속하던 쿠스미와 하타는 만 근처에 떠 있는 비축기지에서 사람을 잡아먹는 괴물과 조우하게 되고 사건의 범인이 이 괴물임을 알아챈다. 하지만 이 괴물이 남긴 근육조각에 대한 분석 결과가 나오자 모든 상황은 뒤바뀐다. 바로 이 괴물이 누군가에 의해 만들어진 괴물이라는 것. 사태는 경시청, 방위청, 특차 2과까지 휘말리게 되고 하타가 모르는 사에코의 모습까지 알게 된다. 수많은 의혹이 교차되는 사이 또 다시 괴물이 도쿄만에 나타나고 특차 2과 제 2소대는 레이버와 함께 이 괴물 사건을 종결짓기 위해 출동한다. 그 사이 하타는 이 괴물이 사에코가 자기 의지대로 만들어 냈다는 사실을 발견한다. 한편 제 2소대는 괴물을 처치하기 위해 스타디움으로 유도한다. 괴물과의 사투를 벌이던 제 2소대는 마침내 괴물을 처치하는데 성공한다.
2002년, 세월이 흐르며 특차 2과의 말썽꾼들도 이리저리 흩어져 나가고, 고토와 시노부 등만 남아서 2과를 지키고 있었다. 바빌론 프로젝트도 거의 마무리를 향해 달려가는 시점에서 레이버 범죄도 많이 감소해 그럭저럭 평온하고 무난한 일상이 이어지던 중, 정체불명의 전투기가 미사일로 요코하마 베이 브릿지를 파괴하는 사건이 터진다. 사건 당시 촬영되었다는 영상에서 문제의 전투기가 자위대가 운용하는 F-16J임이 방송에서 공개되지만 자위대는 이 사실을 부정한다. 이어 벌어진 가짜 도쿄 공습 사고로 경찰청이 자위대를 압박하면서 두 조직이 점점 첨예하게 대립하게 되고, 정부가 자위대의 손을 들어주어 자위대가 치안 유지를 위해 기계화 부대를 이끌고 도쿄에 들어오는 등 정국은 엉망이 된다. 사건을 한 걸음씩 조사해나가던 고토와 시노부는 '츠게 유키히토'란 남자가 그 배후에 있음을 알게 되는데...
레이버라는 기계가 사람이 하던 일을 대신하기 시작하는 1999년. 신종 범죄인 레이버 범죄를 단속하기 위해 기동경찰 패트레이버가 탄생한다. 한편 도쿄에서는 바람이 불 때 발생하는 저주파를 이용한 바이러스가 등장하여 모든 레이버를 감염시킨다. 수천대의 레이버가 폭주하는 가운데 메인 컴퓨터의 바이러스를 제거하기 위해 패트레이버가 출동하는데...
While performing in a student film, Ataru cuts down Tarozakura, a large, ancient cherry tree. Strange things begin to happen all across Tomobiki: a mountain appears out of nowhere, spring changes to winter, and Lum loses her powers, while those around her act as if she doesn't exist.
Shingo is planning the film "A Story of Two Worlds" starring Megumi. Yuu's transformation into Creamy Mami is happening without her wanting it. She is asked to star in the film too. But the magic doesn't last...
The Space Kittens Pozi and Nega gave little Yu a magic baton and for a year she possessed the power to transform into grown up idol singer Creamy Mami and use her magic for good. Sometimes her powers caused more problems than they solved, and though everything worked out well she finally returned the baton. Ever since, Mami has been absent from the music scene, but suddenly her return is announced in a blaze of publicity. Yu and her friends uncover a campaign by bad boy Shingo to deceive the singer's many fans.
