Stephen Barth

1977년, 불의의 사고로 엄마를 잃은 소년 ‘벤’은 우연히 엄마의 서랍장 속에서 한 번도 본 적 없는 아빠에 대한 단서가 담긴 책 [원더스트럭]과 한 서점의 주소를 발견하고 뉴욕으로 떠난다. 1927년, 엄격한 아버지의 통제를 받던 소녀 ‘로즈’는 어느 날, 자신이 선망하는 여배우의 공연 기사를 보고 무작정 집을 뛰쳐나와 홀로 뉴욕으로 향한다. 부푼 소망을 안고 뉴욕으로 향한 소년과 소녀, 이 둘은 50년을 뛰어넘어 자연사박물관에서 만나게 되는데… "세상은 정말 놀라움 투성이야!"

알 수 없는 사건으로 현실이 뒤바뀌고 외계인의 공격으로 위험에 빠진 지구. 게다가 MIB 소속 베테랑 요원 ‘케이(토미 리 존스)’는 하룻밤 사이에 감쪽같이 사라진다. 모든 것을 원래대로 되돌릴 수 있는 사건의 열쇠를 쥐고 있는 유일한 사람은 ‘케이’뿐인데… 사라진 파트너를 찾고 그동안 감춰졌던 우주의 비밀을 캐내기 위해 ‘제이(윌 스미스)’요원은 과거로 위험한 시간여행을 떠나게 되고, 그 곳에서 심하게 젊은(?) ‘케이(조쉬 브롤린)’와 마주하게 된다. 이제 이 둘은 24시간 안에 우주의 비밀을 풀고 현재로 돌아와야만 하는 MIB 사상 최고의 미션에 도전하게 되는데!

상원의원 엘리노 쇼는 아들을 부 대통령으로 만들려고 아들까지 세뇌시키고 반대파 정치인들을 암살하려는 음모는 물론, '맨츄리안 글로벌'이라는 기업과 뒷거래를 서슴치 않는다. 그러는 와중, 주인공 마르코도 걸프전에서 그들로부터 세뇌를 당하고 고퉁을 당하고 있지만 사실을 파 해치고자 그들과 정면으로 부딪히는데.....

도심에 북극광이 나타난 1999년 어느 날 밤. 존은 아버지의 무선 라디오를 만지다 1969년에 살고 있는 아버지 프랭크의 목소리를 듣는다. 존은 소방관이었던 프랭크가 화재 현장에서 사고로 죽기 전 미리 피할 수 있는 방법을 알리고 그의 죽음을 막는다. 다음 날 존은 잃었던 아버지를 되찾은 기쁨에 들뜨지만 자신이 3명만 살해하고 죽었어야 할 연쇄 살인범도 함께 살렸다는 사실을 깨닫는다.