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전편에서 인간이 아닌 곰으로 살아가기를 선택한 키나이는 꼬마 곰 코다와 함께 즐거운 시간을 보내며 행복하게 살고 있던 어느날 키나이는 꿈 속에서 어린 시절 소꼽 친구인 니타를 만나게 되고, 그녀에 대한 추억을 기억하게 된다.
한편 니타는 아트카와의 결혼식을 앞두고 행복해 하지만, 조상들의 방해로 그녀는 결혼식을 마치지 못한다. 상심에 빠진 니타는 유명한 무당을 찾아가게 되고 무당은 그녀에게 이미 어린 시절 조상들이 정한 인연이 따로 있는데 그 인연은 곰으로 변신한 키나이라는 사실을 말해주고 키나이와의 인연을 끊어야 아트카와 결혼할 수 있으며, 인연을 끊을 수 있는 방법은 춘분까지 호카니 폭포에 가서 어린 시절 키나이에게 받은 목걸이를 불태워버려야 한다고 말해준다. 그리고, 이 방법이 효과를 보기 위해서는 그녀는 꼭 키나이와 함께 호카니 폭포로 가야 하다고 경고 하는데…
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릴로, 스티치, 점바, 플레이클리는 마침내 점바의 모든 유전자 실험을 잡았고 각각이 속해 있는 진짜 장소를 찾아냈다. 스티치, 점바, 플레이클리는 은하 동맹의 자리를 제안받고, 릴로와 함께 지구에 머물 수 있도록 거절한다. 하지만 릴로는 그녀의 외계인 친구들이 그들이 있어야 할 곳을 가지고 있다는 것을 깨닫고 마침내 "알로하"라고 말할 때가 되었다.
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하와이에 불시착한 줌바 박사의 실험용 외계 생물체 626호는 지구인 친구 릴로를 만나 스티치라는 이름을 얻고 이제는 지구에서 릴로와 나니, 데이빗, 그리고 사회복지사 코브라 버블스와 함께 살고 있다. 그러던 어느 날, 줌바 박사가 만든 또 다른 외계 생물체 625호가 스티치를 찾아온다. 한편 스티치를 잡기 위해 줌바 박사가 만든 221호도 커다란 해일을 일으키며 하와이에 착륙하게 되고, 625는 릴로와 스티치를 줌바 박사 일당과 221호로부터 지키기 위한 모험을 하게 된다. 드디어 가족과 친구들을 지키기 위한 스티치와 625호의 모험은 시작되고, 과연 그들은 줌바 박사 일당으로부터 자유로워질 수 있을 것인지....
Storyboard
전투에서 파트너 워프를 잃은 버즈는 다시는 동료를 위험에 빠뜨리지 않겠다고 결심한다. 우주 사령부는 버즈의 반대에도 불구하고 버즈의 새로운 파트너로 노바를 지목한다. 한편 우주를 지배하려는 악당 저그 황제는 LGM(Little Green Men) 혹성의 그린맨들을 납치하고, 버즈와 노바에게는 LGM 혹성을 구하는 임무가 주어진다.
