하늘과 바다가 반짝이는 마을 "후지사와"에 사는 고등학생 아즈사가와 사쿠타는 같은 학교 선배이자 연인인 사쿠라지마 마이와 설레는 일상을 보내고 있다. 하지만 어느 날 첫사랑인 마키노하라 쇼코가 등장하면서 그 일상은 완전히 뒤바뀌어 버린다. 알 수 없는 이유로 '중학생'과 '어른', 두 명이 존재하는 쇼코와 부득이한 동거를 하면서 사쿠타와 마이의 관계가 삐걱거리기 시작한다. 그러던 중 '중학생 쇼코'가 위중한 병을 앓고 있다는 것을 알고 사쿠타의 가슴 흉터는 다시 벌어지는데...
거인이 모든 것을 지배하는 세계, 사람들의 평온한 일상은 무너졌다. “한 마리도 남김없이 쓸어버리겠어.” 그 각오와는 정반대로 갑자기 거인으로 변해버린 주인공 엘런. 자신이 누구인지 갈등하던 와중에 엘런은 그 능력을 써서 인류를 구하게 된다. 어떤 이는 그를 ‘구세주’라 칭송하고, 어떤 이는 그를 ‘악마’라 두려워한다. 다음으로 그들 앞에 나타난 것은 다른 거인들과는 명백히 다르게 지성을 가진 여성형 거인. 그녀는 대체 무엇인가... 엘런에게 숨겨진 능력의 비밀은...
무차별적으로 잡아먹는 식인 거인들이 나타나면서 멸망 위기에 놓인 인간 세계. 인간들은 그들을 피해 50미터의 거대한 벽을 쌓은 채 그 속에서 살아간다. 100년여 동안 평화 아닌 평화를 지켜 가며 숨죽여 살아가지만, 벽 밖의 세계가 궁금한 어린 ‘엘런 예거’는 새장에 갇힌 새처럼 사는 현실이 싫어 가족과 어릴 때부터 자신을 지켜 주었던 ‘미카사 아커만’의 반대 속에서도 그곳을 벗어나겠다는 고집을 꺾지 않는다. 이 때, 초대형 거인과 갑옷 거인이 나타나면서 허울뿐인 평화는 부서지는 벽과 함께 무참히 깨져 버린다. 거인들이 첫 번째 벽, 월 마리아를 부수고 안으로 들어오면서 절규와 죽음이 가득한 지옥 같은 상황이 이어지고, 눈 앞에서 잔혹하게 잡아 먹히는 어머니를 본 ‘엘런 예거’는 그들에게 복수를 다짐한다. 결국 두 번째 벽, 월 로제 안으로 도망친 '엘런 예거' 와 '미카사' 등은 훈련병에 지원하고 혹독한 수련을 거듭하며 거인에게 복수할 수 있는 힘을 키워나간다. 그리고 5년 후, 그들이 훈련병을 졸업하고 한 명의 병사로서 태어나는 바로 그날, 월 마리아를 파괴했던 초대형 거인이 '엘런' 앞에 다시 모습을 드러냈다. 과연 거인들은 어디로부터 오는가? 진짜 전쟁은 지금부터 시작이다!
