고질라의 샌프란시스코 공격으로 인해 아들을 잃은 상처로 엠마와 마크, 딸 매디슨 가족은 슬픔 속에 살고 있다. 미지의 생물을 연구하는 모나크 소속 과학자인 엠마는 또 다른 공격에 대비해 거대 괴수와 소통하는 주파수를 발견한다. 그러나 괴수들을 조종해 지구를 초토화 시키려는 테러 세력에게 딸 매디슨과 납치되고, 주파수로 모스라, 로단, 기도라 등 고대 괴수들이 하나 둘 깨어난다. 역대급 재난 상황에서 인류의 생존 자체조차 불투명해지고, 여기에 강력한 고질라의 등장으로 괴수들의 대결은 새로운 국면을 맞이한다. 또 다시 최악의 위기를 맞은 가족들은 어떻게든 함께 위험을 헤쳐나가야만 하는데...
토니 스타크의 제안을 받고 시빌 워에 참여한 피터 파커는 다음 임무가 언제일지 설렘을 안고 하루하루를 보낸다. 토니는 MIT 진학 준비에 전념할 것을 권하지만 친절한 이웃에 머무는 것은 피터의 성에 차지 않는다. 한편 어벤져스 군단과 외계 세력의 전투로 생긴 산업폐기물을 처리하던 아드리안 툼즈는 그 일이 토니 스타크와 정부에 넘어가면서 하루아침에 빈털터리가 된다. 이에 앙심을 품은 아드리안은 외계 첨단무기를 훔쳐서 개조하는 빌런이 되고, 그의 존재를 알게 된 피터는 도움을 빌리지 않고 자기가 일을 해결해보려고 한다.
120년 후의 개척 행성으로 떠나는 초호화 우주선 아발론 호. 여기엔 새로운 삶을 꿈꾸는 5,258명의 승객이 타고 있다. 그러나 알 수 없는 이유로 인해 짐 프레스턴(크리스 프랫)과 오로라 레인(제니퍼 로렌스)은 90년이나 일찍 동면 상태에서 깨어나게 된다. 서서히 서로를 의지하게 되는 두 사람은 우주선에 치명적인 결함이 있다는 사실을 발견하게 되고, 마침내 그들이 남들보다 먼저 깨어난 이유를 깨닫게 되는데…
