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요코하마 뒷사회에 피바람이 몰아친 용두항쟁으로부터 6년 후. 정체불명의 ‘안개’ 속에서 이능력자가 자신의 힘으로 목숨을 끊는 사건이 세계 각국에서 발생해 500명이 넘는 사망자를 만들고 있었다. 내무성 이능특무과는 이것을 ‘이능력자 연쇄 자살 사건’이라 명명하고 무장 탐정사에 이 사건에 관여된 것으로 의심되는 이능력자 시부사와 타츠히코를 체포해 달라 의뢰한다. 그런데 그 시각 다자이가 종적을 감추고, 게다가 사건의 배후에는 마인 표도르의 그림자가 어른거린다. 이능력자들을 연이어 습격하는 전례 없는 강적. 도시가 커다란 악몽에 집어 삼켜지려 하는 중, 아츠시는 쿄카와 함께 시부사와의 성으로 달린다. 하지만 그 곳에 나타난 아쿠타가와에게서 상상하지도 못한 진실을 듣는데…
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시냅스에서 떨어진 귀엽고 섹시한 엔젤로이드들과 동거하고 있는 토모키는 그야말로 평범한 평화주의자다. 그 중 최강의 엔젤로이드인 이카로스는 토모키를 마스터로 섬기고 있다. 아무런 감정 없이 토모키에게 절대 복종을 하던 이카로스는 어느날 부턴가 토모키에게 적극적으로 구애를 하는 다른 엔젤로이드들에게 질투를 느끼기 시작한다. 그리고 잃었던 기억이 돌아오면서 충격적인 기억을 떠올리게 된다. 이런 이카로스의 마음을 눈치 채지 못한 토모키. 그는 이카로스가 웃지 않는 이유를 자유롭지 않기 때문이라고 오해하여 더이상 자신에게 순종할 필요가 없다고 선언, 주종관계를 이어주던 사슬을 풀어준다. 하지만 이로 인해 이카로스는 더욱 큰 고민에 빠지게 된다. 사랑을 시작한 엔젤로이드. 또 그녀를 특별히 아끼는 토모키. 이와 연결된 시냅스의 운명. 최후의 이야기가 지금 시작된다.