Daphne Klebe

정체불명의 악당 마스크맨이 미스터리 주식회사가 제거했던 익룡, 흑기사, 타르, 좀비, 1만볼트 몬스터 등을 몬스터 제조기를 이용해 재창조해 쿨스빌을 습격한다. 갑작스런 몬스터들의 등장으로 대외 신용도가 급격히 추락한 미스터리 주식회사는 냉혹한 TV 리포터 헤더 재스퍼-하우(알리시아 실버스톤)와 쿨스빌 시민들의 성화에 떠밀려 사건 수사에 착수하게 된다. 한편, 사고커플 섀기(매튜 리라드)와 스쿠비는 자신들 역시 명탐정이라는 사실을 입증하기 위해 단 둘이서 사건 해결을 위한 단서를 찾아 나서고, 가장 유력한 용의자로 옛날 미스터리 주식회사에 의해 교도소에 보내진 흑기사 몬스터 위클스 영감(피터 보일)을 지목한다. 과연 그가 미스터리 주식회사에 복수하기 위하여 괴물들을 만들어 쿨스빌을 습격한 것일까? 엎친 데 덮친 격, 미스터리 주식회사의 아이디어 뱅크 벨마(린다 카델리니)는 또 다른 용의자이자 쿨스빌 범죄박물관 총책임자인 패트릭 와이즐리(세스 그린)에게 빠져들고, 꽃미남 리더 프레드(프레디 프린즈 주니어)와 얼짱 다프네(새라 미셸 겔러)는 몬스터들을 이용해 쿨스빌을 파괴하려는 음모를 가진 마스크맨의 정체를 밝히는 데 총력을 다한다.

미국 북부 뉴잉글랜드주의 한 호수에서 순찰을 돌던 호수 경비원 한 명이 물속에 존재하는 미확인 물체에 의해 처참하게 살해된다. 하반신이 잘려 나간 시체에서 공룡의 것으로 추정되는 이빨이 발견되자 사건의 실마리를 찾기 위해 전문가에게 도움을 요청한다. 뉴욕 박물관의 고생물학자 켈리 스콧이 현장으로 파견된다. 그곳에서 수렵 감시관인 잭 웰스과 보안관 행크과 합류한다. 이 때 세계적인 악어 전문가이자 백만장자인 괴짜 헥터가 현장에 와 이번 사건은 악어의 소행이라는 단정을 내리고 생포를 주장한다. 헥터를 제외한 사람들은 뉴잉글랜드 지역에 악어가 살리 없다고 무시한다. 그러던 중 조사반원 하나가 또 다시 살해되고 호수 근처에 사는 노부인 비커만을 찾아간 조사반은 뜻밖에 그녀의 남편이 악어에게 물려 죽었으며, 그 이후로도 그녀가 계속해서 악어에게 먹이를 주고 있었다는 충격적인 사실을 알게 되는데.