고등학교 2학년 봄 방학, 아름다운 흡혈귀 키스샷 아세롤라오리온 하트 언더 블레이드와 만난 아라라기 코요미. 사지를 잃고 빈사 상태였던 그녀를 구한 코요미는 뜻밖에도 자신까지 흡혈귀가 되고 만다. 인간으로 돌아가려면 빼앗긴 키스샷의 사지를 되찾아야만 한다. 괴이 전문가 오시노 메메의 조언을 받은 코요미는 가혹한 싸움에 뛰어 들게 된다. 그의 앞을 가로막고 있는 것은 신장이 2미터를 넘는 거한이자 흡혈귀를 사냥하는 흡혈귀, 드라마츠루기. 거대한 십자가를 자유자재로 다루는 반흡혈귀(뱀파이어 하프), 에피소드. 그리고 흡혈귀 퇴치를 전문으로 하는 과묵한 인간, 길로틴 커터. 과연 코요미는 세 명의 적으로부터 키스샷의 사지를 빼앗을 수 있을 것인가? 거센 비가 쏟아지는 3월의 마지막 밤 혈전의 막이 조용히 올라간다
벚꽃이 흩날리는 3월 25일, 종업식 날의 오후. 고등학교 2학년인 아라라기 코요미는 자신과 같은 학교에 다니는 우등생 하네카와 츠바사와 조우한다. 하네카와로부터 ‘이 마을에 흡혈귀가 있다’는 소문을 듣게 된 코요미. 그날 밤, 거리에 나온 코요미는 지하철 승강장에서 피에 젖은 상태로 사지를 잃고 필사적으로 도움을 청하는 여자와 만난다. 그 여자는 하네카와가 말한 것처럼 금발 머리에 아름다웠고… 등줄기가 얼어붙을 정도로 차가운 눈을 갖고 있었다.
1920년 독일로 떨어진 에드워드는 연금술을 사용할 수 없게 되어, 로켓등의 기계문맹에 관심을 가지된다. 그런데 이곳(현실세계)에서 전설에 등장하는 샴발라라고 불리는 에드의 세계로 가기 위한 음모가 꾸며진다. 여러가지 우여곡절끝에 결국 에드는 아보지 호엔 함임을 연성하고 알은 살아남은 호문크루스인 롸스와 그라토니를 연성하여 문을 열게되는데...
어느 마을을 지나가던 리나와 나가는 죤 플레어라는 드래곤과 마레네라는 소녀로부터 습격을 받는다. 그러나 리나의 마법으로 간단히 물리치자 이를 지켜보던 병사들은 리나를 성으로 모시고 간다. 성으로 향한 리나는 나가가 보이지 않는 것을 알게되고 나가를 찾아나선다. 알고보니, 나가는 마레네의 웃음이 완벽하지 않다며 마레네의 뒤를 쫓아다니다가 결국 그녀의 부하가 되고 말았던 것. 이로 인해 리나와 나가는 또다시 싸우게 된다. 그런데 리나는 그런데 마레네 뒤에서 웃고 있는 가이즈노의 정체를 의심하기 시작하는데...
네르프에 있는 마기가 미국, 프랑스 등지의 마기 5대의 파상공격으로 인해 해킹을 당하고 있었다. 그러나 슈퍼인공지능 컴퓨터도 그 파상공격을 당해내지는 못하는 상황. 결국 감금되어 있던 리츠코 박사를 다시 부르게 된다. 그는 처음에는 자신을 감금한 것에 대해 불만을 표시하지만, 결국 겐도우의 명령에 따르고 예전 사도에게 사용한 캐스퍼의 방법인 마지막 로직 코드를 변경하여 완전 몰아내기로 간신히 마기를 복구한다. 그리고 666프로텍트와 B다낭형 방벽을 세워 62시간은 막을 수 있게 조치하는데...
