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과학자 브루스 배너는 분노를 적절하게 조절해야만 한다. 명석한 과학자로서 평온한 그의 삶은 억제된 욕망을 품고 있으며 유전적인 기술이 처절한 그의 과거를 숨기고 있다. 옛날 여자친구이자 그의 뛰어난 동료, 베티 로스는 브루스의 감정 기복에 지쳐서 그의 삶을 바라보기만 할 뿐이다. 그러다 베티는 초기 공판이 진행되는 동안 배너의 혁신적인 연구로부터 무언가를 발견하게 된다. 잠깐의 실수는 폭발적인 상황을 야기시키고 브루스는 순간의 결정을 내린다. 그의 영웅적 충동심으로 다른 이의 생명을 건지고 그 자신은 상처 하나 입지 않는다. 그러나 그의 몸은 감마 방사선을 치사량 이상으로 노출된 상태였다. 그런 후 알 수 없는 일들이 일어나기 시작하는데 아침에 일어났던 일들을 기억조차 못할 정도의 의식을 상실하게 된 것이었다. 그러한 상황은 실패한 실험이 초래한 예기치 못한 결과였다. 그러나 배너는 자기 내부의 다른 존재들로 낯설긴 하나 매우 친밀하며, 다소 위험하나 은근히 매력적인 것으로 상반되는 것들을 느끼게 된 것이었다. 거대한 피조물인 헐크가 간헐적으로 그 모습을 드러낸다. 파괴를 일삼아 배너의 연구실을 피투성이로, 집안의 모든 벽을 부셔버린다. 이로 인해 베티의 아버지, 썬더볼트 로스 장군의 지휘 아래 병력이 동원되고, 그의 맞수인 연구가 글렌 탈봇이 여기에 동참한다. 개인의 복수혈전과 가족 관계가 극대화되어 위험을 증폭시킨다. 베티 로스는 뒷 배경에 어두운 인물로 브루스의 아버지인 데이비드가 어느 정도 이 일에 연루되었다는 것을 알게된다. 그녀는 과학자와 헐크 간의 관계를 이해하는 유일한 인물이며, 군대의 위협을 막으려고 노력한다. 그 괴물을 생포하기 위해 모든 병력들이 동원되고...
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2084년, 핵전쟁으로 파괴된 런던에서 고대의 거대한 생명체가 발견된다. 놈은 도시 전체를 뒤덮을 만큼 상상을 초월하는 위용을 가진 수컷 익룡이며 1년에 무려 백만 마리씩 암컷들을 번식시킨다. 게다가 극도로 비상한 두뇌와 인간보다 뛰어난 시력을 갖고 있으며, 가공할 위력의 파괴력과 화력도 갖고 있다. 지구가 멸망 직전의 위기에 놓인 시점에 왜 놈은 다시 태어난 것이며, 놈에게 맞서 지구와 인류를 구할 희망은 과연 없는 것일까! 영국인 퀸(크리스찬 베일)은 극소수의 생존자들을 규합, 폐허가 된 성을 방공호로 개조하여 그 속에 대피시킨 다음 수컷 익룡과의 전투에 대비한 최후의 전략을 짜고 있다. 이때 그들 앞에 미군 해병대 출신의 용병 밴젠(매튜 메커너히)과 그의 소수정예 장갑차 및 헬리콥터 대원들이 나타난다. 처음엔 동맹관계였던 퀸과 밴젠은 익룡의 괴멸 방법을 놓고 마찰을 빚은 다음부터는 심각한 대립관계에 빠진다. 바로 그 무렵 무시무시한 화력을 뿜으려 수컷 익룡이 나타나는데...!