Bill Barr

파월 항공사 및 파월 방위 산업체의 대표 파월은 카지노 체육관에서 헤비급 챔피언 권투 경기를 주최한다. 이 경기에 커크랜드 국방장관이 초청된다. 애틀랜틱 시티의 강력계 형사 릭 샌토로(니콜라스 케이지)와 게빈 던(게리 시니즈)은 국방장관의 경호를 맡는다. 1라운드 경기 중 던은 빨강 머리를 한 수상한 여자의 신원을 확인하기 위해 자리를 비운다. 이 때를 틈타 은발 머리의 미녀가 국방장관에게 접근하여 뭔가를 건네려 한다. 바로 그때 헤비급 챔피언 타일러가 다운되고 두 방의 총성이 울리며 장관이 쓰러진다. 팔에 부상을 입은 은발의 여자는 감쪽 같이 사라진다. 수사를 위해 방송실의 녹화 테이프를 검색하던 샌토로는 타일러가 의도적으로 다운됐음을 알아낸다.

뉴욕 경찰 에드워드는 용의자를 추적 중 그가 건물을 기어오르고 허공을 떠오르는 등의 장면을 목격한다. 용의자는 지구가 멸망할 것이라 주장하며 투신 자살을 하고 에드워드는 검은 양복을 입은 MIB요원 캐이를 만난다. 캐이는 에드워드의 탁월한 능력을 알아차리고 그를 비밀 요원으로 발탁한다. MIB는 지구인의 모습으로 살고 있는 외계인들을 감시하고 외계인의 정체를 보호하며 혹시라도 일반인이 그들이 외계인임을 알아차리면 기억 말소 장치를 이용해 외계인들을 보호한다. 그러나 사악한 바퀴벌레 외계인 에드가가 지구에 침투해 오면서 이민외계인들은 불안해 하는 등 동요하기 시작한다. 이 때 지구를 방문한 외교 사절이 암살당하는 사건이 발생해 은하계가 전면전에 돌입하자 지구는 멸망의 위기에 처한다. 지구를 지키고 우주의 평화를 지키기 위해 에드워드와 케이는 에드가와의 결전을 준비하는데...

순직한 소방관의 아들로 역시 소방관의 길을 걷는 두 형제, 하지만 형인 스티븐(Stephen McCaffrey : 커트 러셀 분)은 사명감이 없는 동생 브라이언(Brian McCaffrey : 윌리암 볼드윈 분)을 못마땅해하고 브라이언은 독불장군인 형을 싫어해서 사사건건 부딪히고 서로를 못마땅해 한다. 한편 백드래프트라는 희귀한 폭발 현상으로 3명이 차례로 죽는 사건이 발생하자 화재조사관인 림게일(Donald Rimgale : 로버트 드니로 분)이 수사에 착수하고, 형에 대한 열등감과 형과의 마찰을 견디지 못한 브라이언은 소방서를 뛰쳐나와 림게일의 조수로 일하게 된다. 조사 끝에, 사고가 아니라 살인을 목적으로한 방화라는 사실을 알아내고 시의원인 스와이잭(Alderman Marty Swayzak : J.T. 웰쉬 분)을 용의자로 지목하지만 범인이 스와이잭마저 죽이려다 미수에 그친 사건이 발생하자 사건은 미궁에 빠진다. 감옥에 수감 중인 희대의 방화범으로부터 힌트를 얻는 브라이언은 형을 의심하지만, 그 순간 진짜 범인이 오랜 친구이자 동료인 소방관 에드콕스(John Adcox : 스콧 글렌 분)라는 걸 알게 되고, 그 사실을 안 스티븐은 에드콕스를 설득하려 한다. 그러나 화학공장에 대화재가 발생하는 바람에 사고 현장에 출동한 스티븐과 브라이언은 에드콕스로부터 돈을 벌기위해 소방인력을 감축하고, 그럼으로써 결국 소방관의 생명을 위협한 스와이잭과 그 동업자들을 살려둘 수 없었다는 에드콕스의 고백을 듣고 갈등한다. 그런데 그 순간 건물이 무너지고 불속에 떨어지는 에드콕스를 구하려다 스티븐도 같이 떨어진다. 에드콕스는 숨지고 스티븐은 중상을 입고 브라이언에게 에드콕스가 범인임을 밝히지 말라는 유언을 남긴 채 결국 세상을 떠난다. 림게일과 브라이언은 스와이잭의 비리를 공개하고, 브라이언은 다시 소방서로 복귀한다.

1955년에 남겨진 마티는 박사의 흔적을 찾는다. 브라운 박사가 1855년으로 갔음을 알게 되고, 폐광 속에 숨겨져 있던 드로리안을 찾아낸다. 1855년의 서부에 도착한 마티는 드로리안의 고장으로 곤경에 빠지지만, 맥플라이 가문의 선조인 세이머스와 매기 부부의 도움을 받고 박사도 만난다. 고장 난 드로리안으로 시간 여행을 하기위해서는 그에 달하는 속도가 유지되어야 하고, 박사와 마티는 그 속도를 얻기 위해 기관차를 이용할 위험한 계획을 세운다. 하지만 박사는 여교사인 클라라와 사랑에 빠져서 그 시대에 남고 싶어한다.