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1944년, 2차세계대전에서 수세에 몰린 나치는 러시아의 흑마술사 라스푸틴을 고용, 지옥의 악마를 불러와 전세를 역전시킬 음모를 꾸민다. 라스푸틴의 염력으로 혼돈의 지옥신 자하드가 깨어나고 지옥의 문이 열리려 할 때, 미리 정보를 입수한 연합군의 공격으로 간신히 저지한다. 간발의 차이로 지옥에서 지구로 불려온 헬보이는 B.P.R.D.(Bureau of Paranormal Research & Defence)를 설립한 브룸교수에게 인도되어 텔레파시 예지력을 지닌 양서인간 아베 사피엔, 불을 자유자재로 다루는 '파이로-키네시스' 리즈와 함께 악에 맞서는 전사로 성장한다. 60년후, 어둠 저편으로 추방되었던 라스푸틴은 추종세력에 의해 부활하고, 그가 창조한 ‘죽을수록 강해지는 지옥의 사냥개’ 삼마엘과 고통에서 쾌락을 느끼는 부관 크뢰넨에 의해 온세계에 강력한 파괴와 종말의 기운이 퍼져나간다. 지옥의 문을 다시 열기위해선 헬보이의 파워가 꼭 필요한 라스푸틴은 리즈를 향한 헬보이의 사랑을 간파하고, 리즈의 목숨을 볼모로 헬보이에게 악마로서의 각성과 파괴신으로서의 재림을 강요하는데…
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{1899년 유럽의 강대국들은 아주 불안한 평화상태를 유지했다. 수백년 동안, 전쟁은 똑같은 무기를 가지고 싸워 왔다. 단발 장총(Single-Shot Rifles), 기병들(Cavalry), 그리고 말이 끄는 대포들(Horse-Drawn Cannon), 하지만 이 오래된 한 세기는 끝날 무렵에 다다랐다. 새로운 시대가 열린다.} 영국이 세계의 패권을 잡고 있는 빅토리아 시대. 세계 각국의 정상들이 평화 유지를 위해 노력하는 가운데, 전쟁무기 판매로 엄청난 부와 권력을 장악한 '팬텀'은 이에 반하는 계략을 꾸미게 된다. 정상회담을 위해 유럽 각국의 정상들이 모이는 베니스 전체를 함락시켜 세계를 아비규환으로 만들려 하는 것. 이에 영국 정보국 첩보원인 'M'은 마스터 헌터 '알란'을 중심으로 전세계에 흩어져 있는 7명의 슈퍼 히어로들을 규합한다. 마스터 헌터 알란을 리더로 하여 한자리에 모인 이들은 뱀파이어 '미나', 스파이 '톰', 불사신 '도리안', 투명인간 '로드니', 캡틴 '네모', 야수 '지킬앤하이드'. 전세계를 무대로 종횡무진 활약했던 7명의 슈퍼히어로들은 이제 '젠틀맨리그'라는 이름으로 하나가 되어 팬텀과의 한판 대결을 위해 베니스로 향한다. 뱀파이어 '미나'의 초고속 공간이동과 특수훈련으로 무장한 스파이 '톰', 어떠한 무기를 사용해도 절대로 죽지 않는 불사신, 그리고 투명인간의 보이지 않는 위협과 엄청난 파괴 본능을 가진 '지킬앤하이드'의 능력으로 무장한 파워 드림팀 '젠틀맨리그'. 이들은 강력한 카리스마를 가진 마스터 헌터 '알란'의 주도하에 완벽한 수중요새인 캡틴 '네모'의 노틸러스호를 타고 팬텀에 맞서 숨막히는 대결을 펼친다. 그러던 어느 날, 팬텀의 또다른 음모에 대항하던 중, 투명인간 '로드니'와 불사신 '도리안'이 사라지며 이들에게 위기가 찾아오는데...