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스파이키드로 활약중인 카르멘과 주니, 이들의 아버지 그레고리오가 OSS 새국장이 될 기쁨에 온가족이 잔뜩 부풀어 있으나 엉뚱하게도 그들의 라이벌 개리와 개티 기글스의 아버지인 도나곤 기글스가 새국장이 되고 만다. 임명식이 있던날 수상쩍은 웨이터들의 샴페인 반격으로 가공할만한 위력을 지닌 무기인 트랜스무커를 빼앗기고 만다. 이에 격분한 미국 대통령은 갓 임명된 OSS의 새국장 도나곤에게 트랜스무커를 회수하라는 중책을 맡긴다. 외딴섬에 본거지를 두고 있는 악당들의 우두머리는 알고보니 도나곤! 그는 트랜스무커를 손에 넣어 전세계를 지배해보겠단 야심에 차있는 사람이다. 그런데 이 섬은 보이지 않게 위장하기 위해 시각 차단 장치인 트랜스무커를 작동시켜 놔서 그 부근만 가면 모든 게 증발돼 버리는 결과를 빚는다. 물론 그 위력 때문에 모든 전기장비는 나가버리고… 이에 카르멘과 주니가 접근하고 도나곤의 아이들인 게리와 게르티도 뒤따라온다. 그 섬을 만든 사람은 유전학자인 로메로, 그는 유전학을 잘못 활용해 그 섬에 희귀한 생물체들을 퍼뜨려놓는다. 그리고 카르멘과 주니를 돕는데, 이로써 두 스파이키드는 트랜스무커가 악당 손에 넘어가는 걸 막는데...
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남북전쟁으로 고향을 떠난 지 4년만에 돌아온 프랭크와 제시 제임스 형제. 그들은 콜, 밥, 짐의 영거 삼형제와 함께 시골에서 밭을 일구며 평화롭게 살고 있었다. 그러나 그때, 철도회사 사장인 타데오스는 악명높은 핑커튼 탐정 사무소를 앞세워 농민들의 땅을 헐값으로 사들이려 한다. 이 일로 제시의 어머니마저 돌아가시게 되고 제임스 형제와 영거 형제는 함께 '제임스 영거 갱단'을 만들게 되는데...
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그레고리와 잉그리드는 적으로 만나 사랑에 빠져 결혼까지 하게 된 전직 일류 스파이. 지금은 카르멘과 주니 남매를 낳고 예전의 모험담을 그리워하며 조용히 살고 있다. 그러던 어느 날 함께 일했던 동료들이 하나 둘씩 사라지고 있다는 연락을 받고 그들을 구출하기 위해 출동한다. 그러나 예전의 실력을 발휘하기도 전에 납치범들에게 붙잡혀 감금당하는 수모를 겪는다. 이들을 납치한 플룹 일당은 그레고리가 스파이로 활동하던 시절 발명했던 제3의 두뇌를 빼앗아 사람과 똑 같은 스파이 키드 로봇을 만들어낸다. 한편 남겨진 아이들은 부모가 일류 스파이였다는 것을 알게 되고, 감금된 부모와 더불어 세계를 구할 수 있는 사람은 자신들 밖에 없다는 깜찍한(?) 생각을 한다. 콩심은 데 콩 나고 팥 심은 데 팥 나는 법. 한때를 풍미했던 스파이 부모의 아이들 답게, 카르멘과 주니는 플룹 일당 소탕 작전에 나서는데...