Phil Bowen

가장 강한 정보요원만을 관리하고 있는 버지니아주 NSA 지하본부가 정체불명의 테러집단에 의해 전멸당하는 상황이 발생한다. 일찍이 볼 수 없었던 대담한 공격에 커다란 위협을 직감한 기븐스(사뮤엘 잭슨)은 테러집단의 배후를 캐내기 위해서는 기존 요원보다 훨씬 강하고 독자적인 임무수행이 가능한 새로운 트리플X가 필요하다는 사실을 절감하고 누군가를 찾아나서는데... 새로운 트리플X 코드를 부여받은 후보자는 상관의 잔인한 명령에 불복종한 혐의로 정예 네이비씰에서 9년째 감금상태에 처해있는 다리우스 스톤(아이스 큐브). 일방적인 명령은 거부, 자신만의 방식으로 임무를 해치우던 다리우스는 테러공격은 미끼였을 뿐, 항공모함과 스텔스탱크 등 신무기를 총동원한 사상 최초의 국가전복 음모가 착착 진행되고 있다는 사실을 알게 되는데...

2054년 워싱턴, 범죄를 예측하는 치안 시스템 프리크라임은 시민들의 안전을 지켜주는 든든한 존재. 프리크라임은 범죄가 일어날 시간과 장소, 범행을 저지를 사람까지 예측해내고, 이를 바탕으로 특수경찰이 미래의 범죄자들을 체포한다. 프리크라임 팀장인 존 앤더튼(톰 크루즈)은 천부적인 감각으로 미래의 범죄자를 추적해내는 능력을 인정받고 있다. 하지만 프리크라임 시스템은 믿을 수 없는 살인을 예견한다. 그것은 바로 앤더튼 자신이 누군가를 살해하는 범행 장면. 프리크라임의 모든 시스템이 앤더튼을 추격하는 가운데 앤더튼은 음모를 파헤치고 미래를 바꾸기 위해 직접 미래의 피살자를 찾아나선다.

달라스의 한 빌딩에서 이상한 폭발 사고가 발생한다. FBI의 특수 요원 멀더(데이빗 듀코브니 분)와 스컬리(질리안 앤더슨 분)는 폭발 사고를 조사하던 중 이해 할 수 없는 여러 의문점과 함께 알 수 없는 어떤 거대한 세력이 폭발 사고에 연류되어 있다는 사실을 감지하게 된다. 한편 텍사스 평원에서 한 아이가 땅속 구덩이 속으로 떨어지는 사고가 발생하는데 사고 후 아이의 생사와 존재에 대해서는 일체 알려지지 않았고, 사고 지점은 외부 세력으로부터 일반인에게서 격리된 채 무언가 알 수 없는 연구가 진행된다. 그러나 두 사람의 육감적인 느낌은 사건의 실마리를 얻게 되고 집요한 추적 끝에 은밀한 곳에서 외계인의 실체와 그들에게 감염된 사람들을 치료하기 위해 백신을 연구하는 시설을 발견하게 된다. 보이지 않는 세력에게 쫓기면서도 서로에게 의지하며 사건을 파헤치던 멀더와 스컬리는 점점 파트너 이상의 감정을 느끼게 되는데, 이때 거대한 벌떼의 습격으로 정신을 잃게된 스컬리는 정체 모를 집단에게 납치당한다. 이제부터 멀더는 스컬리의 생명을 구하고 정부의 감추어진 음모를 밝혀내야 하는 상황 속에서 멀더는 더 큰 음모와 위험한 모험 속으로 빠져들고 있음을 느낀다.