토마스 앤더슨은 자신의 현실이 물리적 구성개념인지 아니면 정신적 구성개념인지 알아내기 위해 이번에도 흰 토끼를 따라가야 한다. 토마스, 아니 네오가 배운 게 있다면 비록 환상이라 할지라도 선택이야말로 매트릭스를 탈출할 유일한 길이라는 것이다. 물론 네오는 무엇을 해야 할지 이미 알고 있다. 그가 아직 모르는 사실은 이 새로운 버전의 매트릭스가 그 어느 때보다도 강력하고, 확고부동하고, 위험하다는 것이다. 평범한 일상과 그 이면에 놓여 있는 또 다른 세계, 두 개의 현실이 존재하는 세상에서 운명처럼 인류를 위해 다시 깨어난 구원자 네오. 빨간 약과 파란 약 중 어떤 것을 선택할 것인가?
즉흥적이고 자기중심적인 피트와는 달리 계획적이고 가족 중심적인 그의 아내 빌리, 바쁜 일상을 벗어나 알프스로 떠난 가족 스키 여행은 평화롭게 시작된다. 하지만 엄청난 굉음과 함께 찾아온 갑작스러운 인공 눈사태로 그들은 위기에 빠지게 되는데… 모두가 공포에 빠진 그 순간, 혼자 도망가버리는 피트와 그 뒤로 남겨진 가족들. 이후 피트는 본인은 달아난 것이 아니라고 강하게 주장하지만 빌리는 무책임하고 이기적인 남편의 행동에 크게 실망하는데… 위기 상황 속 본능적인 결정은 서로에 대한 감정과 가치관을 뒤흔들고 그들은 예상치 못한 위기를 맞이한다! 아무도 장담할 수 없는 상황과 대처, 위기를 극복하고 그들은 결국 서로 마주 볼 수 있을까?