쥬라기 공원이 폐쇄된 지 4년 후, 과거 DNA 추출로 공룡을 부활시켰던 해먼드 박사는 공원이 폐쇄된 후에도 그 섬에서 조금 떨어져 있는 섬의 B 구역이라는 공룡 생산공장을 두고 있었다. 그러던 중 휴양을 떠났던 관광객들이 어느날 공룡의 습격으로 사고를 당하면서 이 섬에 관심이 집중된다. 해먼드에 의해 B 구역에 공룡생산공장이 있다는 놀라운 소식을 들은 말콤 박사는 사고 탐사 목적으로 파견된 여자 친구를 찾기 위해 섬으로 떠난다.
오레곤주의 작은 마을 캐슬록. 섬세한 성격으로 문학에 소질이 있는 고디, 알콜 중독인 아버지 밑에서 갑갑한 생활을 하지만 타고난 리더쉽으로 동네 꼬마들을 지휘하는 크리스, 2차대전의 영웅이었던 아버지를 존경하는 열정의 소년 테디, 착한 꼬마 뚱보 번은 이 마을에서 사는 단짝 친구들이다. 어느 날 번은 패거리들에게 며칠 전 행방불명된 소년의 시체가 저멀리 숲속에 있다는 소식을 전해준다. 만약 시체를 찾아낸다면 마을의 영웅이 되는 것. 네 명의 소년은 호기심과 모험심을 억누르지 못하고 숲을 향해 여행을 떠난다.
