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조직의 돈 3억엔이 조직원 야자키 분지(矢崎文治)에 의해 빼앗긴다. 분지의 의형제이자 뜨거운 우정으로 맺어져 있던 마츠우라 타테오(松浦楯夫)는 조직에 잡혀 온갖 고통을 당하다가 죽기 전에 편하게 해 주고 싶은 마음에 조직의 명령에 따라 분지를 쏜다. 분지는 여동생 사오리(沙織)의 앞에서 죽어가면서도 돈을 숨긴 곳은 결국 말하지 않았다. 타테오는 6년형을 선고받고 복역후 출소하는데, 조직은 이미 해산되었고, 간부들은 사업가로 변신해 있었다. 이윽고, 타테오는 마약으로 기억을 잃은 분지의 여동생 사오리와 다시 만나게 되는데...
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After the events of the previous film, the 17 years-old Sukeban Deka III, Yui Kazama, works for the Juvenile Security Bureau along with her older sisters Yuka and Yuma. This organization is led by politician Kuraudo Sekin, who fights juvenile crime in heavy-handed manners, to the extent to equip his student agents with triple-bladed yo-yo weapons. However, when Sekin's methods become too zealous, Yui quits the bureau and refuses to undertake undercover missions for them. It is soon discovered that Sekin's actual goal is to overthrow the Japanese government, and the Kazama sisters, along with a gang of young outcasts, have to stop him.
