Rachel Cadden

어린 시절의 트라우마로 암흑의 삶을 살던 사형수 칼럼 린치(마이클 패스벤더 분)는 의문의 조직, 앱스테르고의 과학자 소피아(마리옹 꼬띠아르)에 의해 자신의 유전자에 과거의 비밀이 깃들어 있다는 사실을 깨닫게 된다. 유전자 속에 숨어 있는 기억을 찾아주는 최첨단 기술을 통해 15세기에 살았던 조상 '아귈라'의 모험을 직접 체험하게 된 그는 '아귈라'가 비밀 모임 ‘암살단’에 속해 있었다는 사실까지 알게 된다. 이후, 놀라운 지식과 기술을 축적한 그는 세상을 통제하려는 템플 기사단에 맞서게 되는데...

모든 자취를 숨기고 사라졌던 제이슨 본, 그는 되찾은 기억 외에 과거를 둘러싼 또 다른 음모가 있다는 것을 알게 되고 마침내 CIA 앞에 자신의 존재를 드러내게 된다. 그리스 반정부시위에서 소셜미디어를 통해 감시와 통제를 자행하려는 CIA의 새로운 프로그램 아이언핸드가 은밀히 진행 중이다. 이런 상황에서 본은 과거 트레드스톤 작전과 관련된 아버지의 과거를 추적하며 CIA와 대립한다. 본을 제거하려는 국장 듀이(토미 리 존스)에 맞서 사이버팀장 헤더 리(알리시아 비칸데르)가 모호한 조력자로 나선다.

슈퍼맨과 조드 장군의 격렬한 전투 이후 메트로폴리스는 파괴되었고 슈퍼맨은 세계 최고 논쟁의 인물이 되어 버린다. 검증되지 않은 신과 같은 능력을 지닌 슈퍼맨의 등장에 사람들은 두려움에 빠지게 된다. 한편 배트맨은 그 동안 타락했던 많은 자들처럼 슈퍼맨 역시 언젠가 타락을 할 것이라 생각하며 사회에서 가장 위험한 존재로 여긴다. 세계의 미래를 위해 무모하고 제어할 수 없는 힘을 가진 슈퍼맨으로 인해 벌어졌던 일들을 바로 잡으려 한다. 배트맨과 슈퍼맨이 격돌하는 사이 인류를 위협할 새로운 위기가 빠르게 부상하기 시작하는데...