뉴욕의 잘 나가는 미디어 에이전트 스투 세퍼드(콜린 파렐). 어느날 공중전화 박스에서 통화를 마치고 돌아서는 그의 뒤에서 벨 울리는 소리가 들린다. 무심코 수화기를 든 순간 전화선 저편에서 "전화를 끊으면 네 목숨도 끊긴다"는 저음의 목소리가 들려온다. 스투는 정신병자의 장난 전화려니 생각하고 전화를 끊으려고 하지만 전화선 저편의 남자와 얘기할수록 자신이 뭔가 심상치 않은 함정에 빠졌음을 직감적으로 깨닫게 된다. 이윽고 전화박스에서 나오라며 자신에게 시비를 걸던 남자가 저격수의 총에 죽고, 이를 본 스투는 극한의 공포에 사로잡히게 된다.
2065년 지구는 혼란스럽고 운석과 행성들의 충돌로 수많은 에일리언들의 공격을 받는다. 에일리언들의 강력한 오염물질은 지구인들의 목숨을 위협하고, 혼란속에 살아남은 자들은 지구를 되찾기 위해 노력한다. 아키 박사는 조언자인 시드 박사와 캡틴 그레이의 도움을 받아 에일리언과의 전쟁을 시작하는데...
인류의 새로운 역사로 기록될 화성탐사가 한창 매스컴을 통해 방송되는데, 그 첫발을 디딘 이는 상원의원 아들이자 예일대 풋볼스타 패트릭 로스. 패트릭과 화성 탐사팀들은 모두 세계적인 영웅으로 떠오른다. 대통령의 축하 메시지를 접수하고 귀의 환양하려던 차 7분간의 암흑의 순간을 맞이한다. 끔찍한 외계인 DNA가 이들의 몸 속으로 침투하게 되는데...
