우주세기 0079년 1월 23일, 루움에서 지온 공국군과 지구 연방군의 전투가 시작된다. 지온군 에이스 파일럿 샤아 아즈나블은 월등한 전투력의 붉은색 모빌 슈트 ‘자크’로 엄청난 전과를 올리며 모두에게 ‘붉은 혜성’이라 불리게 된다. 한편, 지구 연방군은 “V작전”을 계획하고, 사이드 7에서는 아무로 레이가 신병기 “건담”의 비밀에 다가가지만...
우주 세기 0079년, 인류는 우주마저 전장으로 바꿔버린다. 세계 인구의 절반을 죽음으로 몰고가는 작전을 강행하는 지온 공국군. 이에 대한 열세를 만회하기 위해 압도적 전력으로 도전하는 지구 연방군. 그 뒤에서 교차하는 자비가 일족의 음모, 바꿀 수 없는 운명에 농락당하는 세이라 마스. 지온 군의 파일럿이 된 람바랄과 하몬. 사이드 7에서 형온히 지내는 아무로와 프라우의 일상에도 어두운 그림자가 찾아온다. 그리고 복수에 사로잡힌 지온군의 에이스, 샤아 아즈나블의 "붉은 혜성"으로서의 전설이 탄생한다.
우주세기 0071년, 사이드 3, 문조 자치 공화국을 탈출하고 3년. 지온 줌 다이쿤의 유아인 캐스발, 아르테시아 남매는 짐바 랄과 함께 지구로 도피하여 테아볼로 마스 가에 몸을 의탁하면서 에드와우와 세이라라는 이름으로 평온하게 살고 있었다. 그러나 그들을 쫓는 자비 가 일족의 어둠이 다시 닥쳐오는 것이었다. 그 무렵 사이드 3은 지온 자치 공화국으로 국명을 바꿔 자비 가 일족이 실권을 장악하여 지배 체제를 굳히고 있는 한편, 지구 연방군에 맞서기 위한 신 병기, 모빌 워커의 개발에 착수했다.
우주세기 0068년 사이드3, 문조 자치 공화국. 우주에 진출한 인간의 혁신을 설파하고 지구 연방 정부의 완전 독립을 선언하려던 지온 즘 다이쿤은 의회 단상에서 연설을 하던 중에 갑자기 쓰러져 불귀의 객이 된다. 다이쿤의 사후, 자비 가의 음모설을 제기하는 다이쿤의 측근 짐바 랄. 하지만 사이드 3, 문조의 실권을 장악하고자 하는 데긴 소도 자비가 이끄는 자비 가의 암약은 가속되고 있다. 지금까지 말해지지 않았던 격동의 역사가 밝혀지는 중에, 다이쿤의 유아(遺児)인 캐스발과 아르테시아에게는 격동의 시대를 상징하는 기구한 운명이 기다리고 있었다.
코우가미 회장이 유럽의 숲 가장 깊숙한 데서 지휘하는 조사단. 그들이 찾고 있는 건 800년 전에 오 메달을 만들어낸 과학자와 그가 가진 '잃어버린 메달'이었다. 하지만 봉인을 푸는데 성공하자마자 그 유럽의 삼림과 신주쿠 일대가 마치 메달을 뒤집은 듯 교체되어 나뉘었다! 되살아난 건 특히나 강한 메달을 만드는 능력을 가졌으며 일찍이 왕이 꺼려 봉인된 연금술사 갈라(ガラ)였다. 되살아난 갈라는 이 세계를 끝내고 새로운 세계의 왕(오즈)이 되겠다고 선언, 사역마들을 사용해 인간의 욕망을 모으기 시작한다. 그로 인해 에이지와 앙크 일행이 있던 주변이 에도 시대의 세계로 바뀌고, 코어 메달을 노리는 갈라의 야미들과의 싸움이 개시된다. 잇달아 메달을 빼앗겨 대위기를 맞은 에이지 일행을 구하는 수수께끼의 가난뱅이 도쿠다 신노스케의 정체란? 사람들의 욕망으로 인해 시시각각 나아가는 세계의 종언, 그것을 모면할 기사회생의 열쇠를 쥔 건 누구? 세계의 파멸에 가슴이 뛰는 악의 창조주를 베어라! 지금이야말로 오즈의 각오가 필요!!
