A phantom thief queen—whose age and gender are unknown—flies around the world on an airship in search of treasure. A gemstone the queen had their sights on is stolen from them by a mysterious circus troupe, and a game soon unfolds between the queen and the troupe's magicians, hypnotists, and other members wielding special abilities.
우주 세기 0079년, 인류는 우주마저 전장으로 바꿔버린다. 세계 인구의 절반을 죽음으로 몰고가는 작전을 강행하는 지온 공국군. 이에 대한 열세를 만회하기 위해 압도적 전력으로 도전하는 지구 연방군. 그 뒤에서 교차하는 자비가 일족의 음모, 바꿀 수 없는 운명에 농락당하는 세이라 마스. 지온 군의 파일럿이 된 람바랄과 하몬. 사이드 7에서 형온히 지내는 아무로와 프라우의 일상에도 어두운 그림자가 찾아온다. 그리고 복수에 사로잡힌 지온군의 에이스, 샤아 아즈나블의 "붉은 혜성"으로서의 전설이 탄생한다.
우주세기 0071년, 사이드 3, 문조 자치 공화국을 탈출하고 3년. 지온 줌 다이쿤의 유아인 캐스발, 아르테시아 남매는 짐바 랄과 함께 지구로 도피하여 테아볼로 마스 가에 몸을 의탁하면서 에드와우와 세이라라는 이름으로 평온하게 살고 있었다. 그러나 그들을 쫓는 자비 가 일족의 어둠이 다시 닥쳐오는 것이었다. 그 무렵 사이드 3은 지온 자치 공화국으로 국명을 바꿔 자비 가 일족이 실권을 장악하여 지배 체제를 굳히고 있는 한편, 지구 연방군에 맞서기 위한 신 병기, 모빌 워커의 개발에 착수했다.
After arguing about whose fashion sense is better, Takaharu and Kinji go outside with their costumes to be judged by the public. Expectedly, they are laughed at due to their outrageous costumes. They then notice a dark aura surrounding several stones, which Kinji depicts as Hyakki Yakou, an event in summer where a hundred Youkai would revive and destroy the town at night.
우주세기 0068년 사이드3, 문조 자치 공화국. 우주에 진출한 인간의 혁신을 설파하고 지구 연방 정부의 완전 독립을 선언하려던 지온 즘 다이쿤은 의회 단상에서 연설을 하던 중에 갑자기 쓰러져 불귀의 객이 된다. 다이쿤의 사후, 자비 가의 음모설을 제기하는 다이쿤의 측근 짐바 랄. 하지만 사이드 3, 문조의 실권을 장악하고자 하는 데긴 소도 자비가 이끄는 자비 가의 암약은 가속되고 있다. 지금까지 말해지지 않았던 격동의 역사가 밝혀지는 중에, 다이쿤의 유아(遺児)인 캐스발과 아르테시아에게는 격동의 시대를 상징하는 기구한 운명이 기다리고 있었다.
