전설이라 불리던 킬러 존 윅은 사랑하는 여인을 만나 결혼을 하면서 범죄의 세계에서 은퇴한다. 행복도 잠시, 투병 끝에 부인이 세상을 떠나고 그의 앞으로 부인이 죽기 전에 보낸 강아지 한 마리가 선물로 배달된다. 어느 날 그의 차를 탐낸 러시아 마피아의 일원 요세프가 존 윅을 폭행하고 애완견 데이지마저 죽여버리는 일이 벌어진다. 그런데 요세프는 과거 존 윅을 고용한 적 있는 러시아 마피아 보스 비고의 아들이다. 마지막 남은 애완견마저 잃은 존 윅은 이제 그만의 방식으로 복수를 시작하는데...
동료들과 함께 교도소에 있던 코디는 버지스 장군으로부터 마인드 콘트롤를 연구 중인 레더 박사의 소굴을 찾아내고 포로들을 데려오면 사면해 줄 것을 제안 받게된다. 그 제안을 받아들인 코디는 동료들과 작전을 펼치게 되고, 성공리에 임무를 마치고 포로들과 함께 그곳을 탈출하게 된다. 이때 마인트 콘트롤를 당한 포로들의 공격적으로 변하면서 코디일행과 싸우게 된다. 그 소식을 들은 버지스 장군은 포로들과 코디 일행을 몰살해 증거를 없애려 하지만, 코디일행은 무사히 빠져나오게 된다. 이후 코디 일행은 레더 박사의 행방을 추적하게 되고, 그 과정에서 레더 박사가 켈린 다일 회사에서 연구 중이란 것과 새로 부임한 미국 대사관이 그들의 사업을 후원하고 있다는 사실을 알게 된다. 도대체 그들이 가지려하는 것은 무엇이며, 마인트 콘트롤에 숨겨져 있는 엄청난 비밀은 과연 무엇일까?
