The catastrophe "Skyfall" was brought by the collapsed orbital space colony crashed into the Earth. Inside the crater at the crash site now inhabit Kaiju born by gene mutation. Ray, an avatar, comes to the area to collect the scattered "seeds", not knowing what really is going on there, He soon meets Mil, a mysterious girl. Is she a human, or a Kaiju?
"2만 년 후의 지구"에 돌아와 필사적인 전투로 고질라를 쓰러트리는 것에 성공하는 인류. 그러나 기쁨도 잠시, 지구 깊은 곳에서 고질라 어스가 나타나고, 인류는 뿔뿔이 흩어져 버린다. 인류 생존의 희망과도 같은 "후츠아"와 만난 인류는 21세기에 그들이 후지산에서 「대 고질라 결전병기」의 개발을 하고 기동 직전에 파괴된 "메카고질라"의 개발 계획이 지금까지 남아있다는 것을 안다.
20세기 마지막. 그날 인류는 지구라는 행성의 지배자가 자신들만이 아니라는 사실을 알았다... 거대생물 [괴수]수ㅡ 출현과 그 괴수를 구축하는 궁극의 존재 [고질라]. 반세기에 걸친 괴수와의 전쟁끝에 인류는 패배를 거듭하고 마침내 지구탈출을 계획한다. 그리고 2048년 중앙정부 관리하 인공지능에 의해 선별받은 인간만이 항성 간 이민선 아라트램호를 타고 11.9광년 너머에 있는 고래자리 타우성E를 목표로 떠난다. 그러나 20년에 걸쳐 도착한 타우성E와 지구의 환경조건차이는 전망치를 훨씬 웃돌아, 인류가 생존가능한 환경이라 부를 만한 곳이 아니었다. 이민선을 탄 한명의 청년 하루오. 4살때 눈앞에서 고질라에게 부모가 살해당하고 20년 동안 지구로 돌아가 고질라를 쓰러뜨리는 것만을 계속 생각했다. 이민 가능성이 닫힌 생존환경도 열학한 배 안에서 하루오를 중심으로 한 지구귀환파가 주류가 되어 위험한 장거리 아공간 항행을 결정하고 지구를 목표로 한다. 하지만 귀환한 지구는 이미 2만년의 세월이 지나 지상은 고질라를 정점으로 한 생태계에 의한 미지의 세계였다. 과연 인류는 지구를 되찾을 수 있을까? 그리고 하루오의 운명은?
