평범한 10대 마일스 모랄레스는 우연히 방사능 거미에 물려 스파이더맨 능력을 가지게 된다. 혼란스러워하던 마일스는 악당과 싸우고 있는 피터 파커를 마주치게 되고 피터 파커는 마일스가 자신과 같은 능력을 가지고 있음을 직감한다. 여러 개의 평행세계가 존재한다는 것을 알게 된 마일스와 피터 파커는 이후 스파이더우먼 스파이더 그웬, 스파이더맨 누아르, 스파이더햄 등 평행세계 속 공존하는 모든 스파이더맨들을 만나게 되는데... 하나의 유니버스에서 만나 팀을 결성한 스파이더맨들은 과연 세계를 구할 수 있을까?
제너시스 7 코드 개발자인 벤지는 의문의 여인으로부터 코드를 넘기지 않으면 부인을 죽이겠다는 협박을 받는다. 한편, 착륙을 앞둔 상파울루발 로스앤젤레스행 항공기에서 테러범의 녹음 파일이 발견된다. 일정 고도 이상이나 이하로 내려가면 비행기가 폭파된다는 사실이 알려지면서, 승무원과 승객들의 목숨을 건 위험천만한 비행이 시작되는데...
