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FBI 요원 아트 제프리(Arthur 'Art' Jeffries: 브루스 윌리스 분)는 자신의 공작 활동이 실패로 돌아가자 희생양이 되며 FBI 조직에서 배척 받게 된다. 그는 배신감과 좌절감으로 괴로워하며 철저히 세상으로부터 소외당한다. 그러던 중 그는 의문의 살해를 당한 어느 부부의 어린 아들인 시몬(Simon Lynch: 미코 휴스 분)의 실종을 추적하라는 새로운 임무를 맡게 된다. 살인 현장인 집을 수색하고 마침내 시몬을 발견하게 된다. 시몬은 자폐증세가 있었으나 부모가 살해당하는 처참한 장면을 직접 목격한 후 더 자폐증 증세가 심해진다. 제프리는 본능적으로 자신이 경험한 고통과 소외감을 시몬으로부터도 느끼며 그를 경찰 감시하에 병원 진료를 받도록 한다. 그러나 시몬을 제거하려는 NSA의 음모를 눈치챈 제프리는 경찰과 NSA의 감시를 뚫고 시몬을 데리고 멀고도 험한 도주의 길을 떠난다. 보통 소년이 아닌 시몬은 컴퓨터 천재로 우연히 국방 일급비밀인 코드명 '머큐리'를 해독하게 되는데, 그것은 미국의 전 세계를 대상으로 한 스파이 활동을 보장해 주는 비밀 코드명이었다.
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순직한 소방관의 아들로 역시 소방관의 길을 걷는 두 형제, 하지만 형인 스티븐(Stephen McCaffrey : 커트 러셀 분)은 사명감이 없는 동생 브라이언(Brian McCaffrey : 윌리암 볼드윈 분)을 못마땅해하고 브라이언은 독불장군인 형을 싫어해서 사사건건 부딪히고 서로를 못마땅해 한다. 한편 백드래프트라는 희귀한 폭발 현상으로 3명이 차례로 죽는 사건이 발생하자 화재조사관인 림게일(Donald Rimgale : 로버트 드니로 분)이 수사에 착수하고, 형에 대한 열등감과 형과의 마찰을 견디지 못한 브라이언은 소방서를 뛰쳐나와 림게일의 조수로 일하게 된다. 조사 끝에, 사고가 아니라 살인을 목적으로한 방화라는 사실을 알아내고 시의원인 스와이잭(Alderman Marty Swayzak : J.T. 웰쉬 분)을 용의자로 지목하지만 범인이 스와이잭마저 죽이려다 미수에 그친 사건이 발생하자 사건은 미궁에 빠진다. 감옥에 수감 중인 희대의 방화범으로부터 힌트를 얻는 브라이언은 형을 의심하지만, 그 순간 진짜 범인이 오랜 친구이자 동료인 소방관 에드콕스(John Adcox : 스콧 글렌 분)라는 걸 알게 되고, 그 사실을 안 스티븐은 에드콕스를 설득하려 한다. 그러나 화학공장에 대화재가 발생하는 바람에 사고 현장에 출동한 스티븐과 브라이언은 에드콕스로부터 돈을 벌기위해 소방인력을 감축하고, 그럼으로써 결국 소방관의 생명을 위협한 스와이잭과 그 동업자들을 살려둘 수 없었다는 에드콕스의 고백을 듣고 갈등한다. 그런데 그 순간 건물이 무너지고 불속에 떨어지는 에드콕스를 구하려다 스티븐도 같이 떨어진다. 에드콕스는 숨지고 스티븐은 중상을 입고 브라이언에게 에드콕스가 범인임을 밝히지 말라는 유언을 남긴 채 결국 세상을 떠난다. 림게일과 브라이언은 스와이잭의 비리를 공개하고, 브라이언은 다시 소방서로 복귀한다.
