Tony Chiu

1998년 12월 피닉스의 어느 모텔 룸. 마리온 크레인(앤 허쉬 분)은 점심시간에 애인 샘(비고 모텐슨 분)과 짧은 정사를 나눈다. 그녀는 그와의 결혼을 원하나 샘은 아버지의 빚과 매달 전부인에게 지불해야만 하는 별거 수당 때문에 경제적으로 결혼할 여유가 없다고 거절한다. 착잡해진 마리온은 서둘러 사무실로 돌아오고, 때마침 사장은 고객의 돈 40만불을 은행에 입금시켜 놓을 것을 그녀에게 부탁한다. 그러나 마리온은 돈의 유혹에 이끌려 40만불을 들고 은행이 아닌 애인에게로 향한다. 이틀을 꼬박 운전한 마리온은 피로에 지쳐 길을 잃고 헤메이던 중 인적이 드문 베이츠 모텔에 묵게 된다. 모텔 주인인 노만 베이츠(빈스 본 분)는 그녀에게 성적 호기심을 갖고서 저녁을 제공하는 등 호의를 베풀고, 그녀도 그의 호의에 긴장을 풀고 밤늦게 이야기를 나눈 후 그녀의 방으로 돌아간다. 잠자리에 들기 위해 샤워를 하던 중 그녀는 누군가에 의해 칼로 무자비하게 살해당하는데...

남태평양 프렌치 폴리네시아(French Polynesi) 군도에서 프랑스는 30년간 수차례의 핵실험을 강행한다. 핵폭탄의 눈부신 섬광과 엄청난 위력에 섬에 살고 있던 파충류들과 해안에 살고 있던 각종 생물들은 거의 전멸하다시피 한다. 그후, 시간이 지나 남태평양에서 조업 중인 초대형 일본 원양어선이 침몰되어 자메이카의 해변에서 처참한 몰골로 발견되고, 파나마의 숲과 해안에서 뉴욕으로 향하는 초대형 발자국이 발견된다. 이에 체르노빌(Chernobyl Ukraine)에서 핵오염 이후의 지렁이 DNA 돌연변이를 연구하던 핵감시 위원회 소속의 타토폴로스 박사와 여류 생물학자 엘시 챕만이 미국무부에 의해 급파되어 조사한다. 그러는 와중에도 미국 해안에 정박된 배들이 일시에 뒤집어지고 바다 속으로 빨려들어가는 재해가 잇따른다. 정체를 알 수 없는 엄청난 파괴력을 가진 생명체가 지금 뉴욕을 향해 전속력으로 돌진하고 있다. 마침내, 뉴욕에 나타난 이 괴물은 거대한 생명체 ‘고질라’로, 뉴욕의 빌딩들은 거대한 괴력에 초토화 된다. 괴물의 정체를 하나하나 밝혀나가던 닉은 이 괴물이 무성생식으로 알을 품었거나 낳았을 것을 알게 되나, 군수뇌부는 이를 믿지 않는다. 괴물의 무자비한 괴력이 도시를 짓밟고, 사람들은 공포의 도가니에 빠진다. 뉴욕 한복판에서 광폭하게 날뛰는 고질라를 막기 위해 군대와 탱크가 동원되지만 거대하고 빠르고 무시무시한 힘을 가진 괴물에게 대항하기엔 역부족.

젊고 유능한 일급 조종사 헤일 대위(크리스찬 슬레이터)와 그의 동료이자 절친한 선배인 디킨스 소령(존 트라볼타)은 핵 미사일이 탑재된 스텔스기를 조종하는 유능한 파일럿이다. 헤일과 디킨스는 여느때와 마찬가지로 훈련 비행의 이륙을 시작한다. 레이더에 걸리지도 않는 B-3 스텔스기가 100피트 저상공에 시속 800마일의 속도로 아리조나의 사막을 비행할 때, 갑자기 디킨스가 헤일에게 총을 겨눈다. 이어 저항하는 헤일을 스텔스기 밖으로 밀어낸 디킨스는 본부에 헤일이 미사일을 강탈했다고 보고 한다. 디킨스는 예정된 장소에 미사일 2기를 낙하산으로 떨어뜨린 후, 남미의 테러분자들과 결탁하여 미국의 주요 도시를 볼모로 거액의 돈과 그들의 요구 사항을 들어달라며 정부를 협박한다. 샘 로데스 중령(본디 커티스-홀)은 수색대를 파견하여 핵탄두를 찾으려 하지만 실패하는데...