「낙제 직전」「공부가 싫은」미소녀 다섯 쌍둥이를 아르바이트 가정 교사로서 「졸업」까지 이끈 후타로. 배우에 전념하기 위해 휴학하기로 한 이치카의 공부를 봐주면서 「학교 축제」 준비에 힘쓰는 후타로와, 후회 없는 「학교 축제」를 만들기 위해 평소 이상으로 노력하는 요츠바. 어지러운 날들이 지나고 정신을 차려보니 「학교 축제」 전날. 후타로는 포기하지 않고 힘쓰는 이츠키의 모습에 힘입어, 니노의 각오와 미쿠의 결의, 그리고 이치카·요츠바·이츠키에 대한 마음의 답을 찾는다. 저마다의 생각을 안고 있는 와중, 드디어 시작된 고교 생활 최후의(마지막) 이벤트인 「학교 축제」 첫날. 『학교 축제 첫날 15시에 교실에 와줘』 교실에 모인 다섯 쌍둥이는, 후타로에게 어떠한 마음을 고백 받게 될까?
지우와 피카츄 일행은 '무엇이든지 소환할 수 있는 링'을 가진 환상의 포켓몬 후파를 만난다. 그때, 데세르시티에서는 엄청난 포켓몬을 봉인한 '굴레의 항아리'에 사악한 기운이 흐르고...! '굴레의 항아리'를 열고 분노의 힘으로 되살아난 '검은 그림자'! 그 그림자의 정체는 바로 '후파'의 본래 모습, 초후파였다! 초후파는 힘을 되찾기 위해 포켓몬계의 최강 파워를 자랑하는 전설의 포켓몬들을 소환하기 시작하고! 지우와 후파 일행은 위기에 빠진 마을을 지키키 위해 이를 대적할 가공할만한 파워의 다른 전설의 포켓몬을 소환해내는데...!
시리즈의 주인공 키리코 큐비는 사실상 '생존율 제로'인 전투에서 혼자 살아남게 되고 혹독한 부상을 입은 상태로 바로 다른 부대로 배속된다. 그곳은 바로 바코프 분대로 구성원간 공통점이라고는 전혀 찾아볼 수도 없는 콩가루 부대였다. 이후 바코프 분대는 '생존 확률이 제로에 가까운' 임무에만 연속으로 투입된다. 거기다 왠지 적군뿐만 아니라 아군까지 자신들을 죽이려고 안달내는 상황. 하지만 이 절망적인 상황에서도 키리코와 동료들은 힘을 합쳐 끝까지 살아남는다. 이런 말도 안되는 상황의 뒤에는 음모가 있었다. 사실 바코프 부대는 하나의 샘플이고 그들의 임무는 모두 실험이었다. 바코프 분대원들은 실은 요란 페일젠이 연구하던 '말도 안 될 정도로 생존율이 높은 이능생존체 후보자' 들이었다. 페일젠이 파기한 극비 자료를 입수해 이 사실을 알게 된 워컴은 이들을 한 부대에 몰아넣고 이들이 과연 죽나 안 죽나 실험을 하고 있던 것이었다. 워컴은 계속된 실험과 페일젠을 고문해서 얻은 정보를 바탕으로 그들이 이능생존체라고 확신하고 정말로 생존 가능성이 없는 무모한 작전에 그들을 투입한다. 하지만 바코프 분대는 자신들이 불사의 이능생존체라는 확신을 가지고 두려움 없이 작전에 뛰어들고 키리코는 자신과 같은 능력을 가진 친구들이 더 있다는 사실에 내심 기뻐한다. 하지만...
