판도라 행성에서 제이크 설리와 네이티리가 이룬 가족이 겪게 되는 무자비한 위협과 살아남기 위해 떠나야 하는 긴 여정과 전투, 그리고 견뎌내야 할 상처에 대한 이야기를 그렸다. 살아남기 위해 설리 가족이 숲에서 바다로 터전을 옮기면서 겪게 되는 화합의 과정, 그리고 곳곳에서 도사리는 새로운 위협까지 역경 속에서 더 아름답게 펼쳐진다.
2천명의 승객과 12명의 승무원을 실은 커버넌트호는 새로운 행성의 개척과 이주를 위해 항해 중이다. 인공지능 로봇 월터가 홀로 깨어 승무원들의 건강을 관리하던 중 예기치 못한 사고로 선장이 사망하고 승무원들이 깨어난다. 이들은 커버넌트호를 정비하던 중 인근의 행성으로부터 알 수 없는 신호를 감지한다. 여행에 지친 승무원들은 다니엘스의 반대에도 불구하고 행성을 탐사하기로 결정한다. 이들은 정체불명의 생명체에 감염되어 위기에 빠지지만 10년 전 사라졌던 프로메테우스호의 인공지능 로봇 데이비드의 도움을 받아 상황을 모면하는데...