미국 애리조나에 거대한 운석이 떨어진다. 국방성 소속 과학자였지만 불미한 사건으로 지금은 지방 학교의 생물학 교수로 살고 있는 아이라 케인(데이비드 두코브니)은 동료 지질학 교수 해리 블록(올랜도 존스)와 함께 이 운석을 조사하던 중 운석 속에 생물체가 급격한 속도로 진화하고 있음을 발견한다. 이 발견을 통해 재기를 노리던 아이라는 전에 함께 일했던 우드먼 장군과 새로운 정부 소속 과학자 앨리슨 리드(줄리앤 무어)와 부딪치고, 급기야 운석 조사팀에서 제외된다. 이 외계 생물체는 기하 급수적으로 늘어가고 지구의 환경에도 서서히 적응해가면서 서서히 사람들에게 공격을 가하기 시작한다.
시작은 전편의 두 주인공 세바스찬과 의붓누이인 캐서린이 처음 만나는 시점으로 거슬러 올라가 시작된다. 또 한번의 사건을 저질러 다니던 학교에서 쫓겨난 아버지와 새어머니와 살기위해 뉴욕으로 옮겨온 세바스찬을 기다리고 있는 건 왜곡된 상류사회의 기득권층으로 살아온 오만하지만 떨쳐버릴 수 없는 유혹을 발살하는 캐서린. 둘의 만남은 처음부터 순탈할 리가 없다. 생모를 버린 생부의 여성 편력에 회의를 느끼던 세바스찬은 캐서린이 학생회장으로 있는 사립학교에 다니게 되면서 모범생 다니엘과 순수한 사랑에 빠지는데, 이를 질투하는 캐서린의 방해공작과 육탄공세를 어떻게 이겨낼 수 있을지.
