국제 해저 관측 프로그램으로 일환으로 심해를 탐사 중인 해저 탐험대는 정체 모를 거대 생물에게 공격을 당한다. 긴급 투입된 심해 구조 전문가 조나스(제이슨 스타뎀)는 그것이 200만년 전 멸종된 것으로 알려진 ‘메가로돈’임을 주장한다. 아무도 믿으려 하지 않지만, 조나스는 역사상 가장 위대하고 가장 거대한 포식자와 두 번째로 마주하는 것인데…
2천명의 승객과 12명의 승무원을 실은 커버넌트호는 새로운 행성의 개척과 이주를 위해 항해 중이다. 인공지능 로봇 월터가 홀로 깨어 승무원들의 건강을 관리하던 중 예기치 못한 사고로 선장이 사망하고 승무원들이 깨어난다. 이들은 커버넌트호를 정비하던 중 인근의 행성으로부터 알 수 없는 신호를 감지한다. 여행에 지친 승무원들은 다니엘스의 반대에도 불구하고 행성을 탐사하기로 결정한다. 이들은 정체불명의 생명체에 감염되어 위기에 빠지지만 10년 전 사라졌던 프로메테우스호의 인공지능 로봇 데이비드의 도움을 받아 상황을 모면하는데...
