약혼자 칼과 핼러윈 테마 결혼식을 올리려는 아버지를 돕던 에이미는 길버트, 마셜과 함께 미라 친구인 해럴드와 그가 사랑하는 로즈가 위험에 처했을지도 모른다는 사실을 알게 된다. 절친에서 원수가 된 해럴드에게 천 년 동안 원한을 품어온 사악한 미라 소벡이 예상치 못하게 깨어나 복수를 위해 길을 나서고, 최면에 걸린 래키 래리의 도움으로 로즈를 납치하는 데 성공한다. 에이미와 길버트, 마셜, 버지, 해럴드는 또 한 번 그들의 실력을 발휘해 로즈를 구하고 결혼식에 늦지 않게 참석해야 한다.
동물학자인 어머니 ‘엘레나’(에바 롱고리아), 고고학자인 아버지 ‘콜’(마이클 페나)과 함께 열대 우림을 모험하며 어린 시절을 보낸 ‘도라’(이사벨라 모너)는 이제 16살이 됐다. 할머니(아드리아나 바라자)와 사촌 ‘디에고’(제프리 월버그)와 도시에서 살게 된 ‘도라’는 무질서한 학교에 입학하게 된다. 어느 날, 현장 학습으로 간 자연사 박물관에서 ‘도라’와 세 친구들은 의문의 도둑 무리에게 납치당한다. 그들은 역사상 가장 진귀한 고고학적 발견물인 고대의 잃어버린 도시 파라파타와 ‘도라’의 부모님을 만나길 소망하는데… ‘도라’와 그의 원숭이 ‘부츠’, 그리고 친구들은 수백년 전 잃어버린 도시의 비밀을 찾아 부모님을 구해낼 수 있을까?
