주인공 부부 핀과 에이프릴은 플로리다 올랜도로 여름휴가를 떠나기로 한다. 하지만 갑작스레 백악관 행사에 초대된 핀은 워싱턴에 남게 되고, 에이프릴은 친정어머니인 메이와 딸 클로디아와 함께 올랜도로 향한다. 한편 워싱턴에 거대한 폭풍과 함께 하늘에서 상어가 떨어지는 이른바 ‘샤크네이도’가 사람들을 공격하기 시작한다. 인정사정 없이 물어뜯는 식인상어들은 동부해안까지 상륙하고, 가족을 구하러 올랜도로 향하는 핀. 이전보다 강력해져 돌아온 샤크네이도의 공격에서 가족을 구하고 무사히 살아남을 수 있을까?
인류의 종말을 가져올 초대형 태풍이 지구를 강타하자 전국 각 지역의 사람들은 살아남기 위해 해군에서 제작중인 배에 탑승하려고 안간힘을 쓴다. ‘노아의 방주’로 이름 지어진 그 배엔 탑승 추첨에 당첨된 사람들과 태풍이 지나간 후에 지구를 재생시킬 수 있는 곤충을 비롯한 수많은 생물들의 DNA가 실릴 예정이다. 해군 중위인 존과 그의 연인인 미생물학자 테사 박사는 오랫동안 거대 태풍에 대비해 진행되어온 프로젝트가 예상보다 빠른 태풍 상륙으로 인해 필요한 DNA 샘플을 공수하지 못하자 테사가 여군 준위와 함께 직접 발로 뛰어 구한다. 도시들이 빠르게 물에 잠기고 세상이 아비규환으로 변하자 급히 방주를 물에 띄우지만 거대한 파도와 태풍을 맞아 고장을 일으키고 탑승한 사람들의 생사조차 불투명해진다.
