오직 탑클래스 능력자들만 입학할 수 있는 Y학원. 이곳에 특별한 ‘YSP 선출기준’으로 선발된 진묘한이 들어온다. 진묘한과 친구들은 Y학원에서 벌어진 사건 해결 미션을 받게 되고, 수수께끼 아이템 ‘YSP워치’로 골치였던 학교 폭력사건을 해결하는데 성공한다. 그리고, 그들 앞에 불가사의한 사건들이 연이어 일어나기 시작하는데! YSP워치의 숨겨진 파워와 거대 변신로봇의 정체는? Y학원의 비밀을 둘러싼 요절복통 파란만장 요괴 모험 활극이 시작된다!
운명 따위에게, 나도, 이 아이도 지지 않을거야. 한때 세계를 멸망시켜 400년이 지난 지금까지도 사람들에게 있어서 공포의 대상이며, 미움받는 존재 "질투의 마녀". 전설에 의하면 그녀는 자주색 눈빛을 가진 은발의 하프 엘프였다고 한다. 눈과 얼음으로 뒤덮인 엘리오르 대산림에 혼자 살고있는 에밀리아는 질투의 마녀를 쏙 빼닮았다는 이유로 남들의 두려움을 받고있었다. 오해받고 비난받아도, 그래도 작은 희망을 가지며 고독 속에서 살고 있었던 에밀리아의 앞에 나타난 것은 작은 고양이의 모습을 한 정령이었다.
도깨비왕 ‘라선’은 자신의 부활을 위해, 사악한 요괴 바이러스 ‘어둠깨비’를 지구에 퍼뜨리고 ‘어둠깨비’들은 외로운 소년 ‘서도영’을 통해 어둠의 힘을 증식시킨다. 한편 ‘염라대왕’의 지시를 받아 새로운 요괴워치의 주인을 찾던 ‘위스퍼’는 정의감이 강한 소녀 ‘윤단아’와 술법을 사용할 줄 아는 소년 ‘천유성’을 만난다. ‘윤단아’는 절체절명의 위기에서 벗어나기 위해 요괴들을 소환하기 시작하고, 요괴들에게는 라이트사이드&섀도사이드 두 개의 얼굴이 있다는 사실을 알게 된다. 그리고 마침내 시작된 운명의 전투!
