전 세계 개성 보유자 섬멸을 목표로 하는 수수께끼 조직 휴머라이즈. 그들이 각국에 설치한 '이디오 트리거 밤'으로부터 사람들을 구하기 위해 세계 선발 히어로 팀이 결성된다! 세계 각국의 프로 히어로와 유에이 고교 히어로과 학생들이 소집되어 각 지역에서 폭탄 회수 임무를 맡게 되는데... 엔데버 사무소에서 인턴 중인 미도리야, 바쿠고, 토도로키는 오세온에서 작전 수행 중, 어떠한 사건에 휘말리게 되고 미도리야는 이를 계기로 만난 운반책 소년 로디와 함께 경찰, 빌런의 공격을 받으며 전국에 지명수배된다. 한편, 휴머라이즈의 지도자 플렉트 턴이 범행을 예고하며 세계는 패닉에 빠지고, 히어로 팀은 절체절명의 상황에 위험을 무릅쓰고 폭탄 회수에 나서는데... 제한시간은 단 2시간! 전 세계와 히어로들의 미래가 '그들' 손에 달렸다!
눈이 계속 내리는 겨울 어느 밤, 히어로 사회를 파괴하려고 계획하는 시가라키 토무라가 인솔하는 빌런 연합과 그 움직임을 사전에 포착한 히어로들의 전투가 전개되는 가운데, 남모르게 조용히 꿈틀거리는 "뭔가"가 일어나고, 그 자리를 떠났다. 마침 이즈쿠 일행의 유에이 고교 히어로과 1학년 A반이 은퇴한 No.1 히어로 올마이트의 뒤를 이어 "차세대 영웅 육성 프로젝트"의 일환으로 학급 전원에서 기간 한정의 교외 히어로 활동을 위해 일본의 훨씬 남쪽에 위치한 외딴 섬 "나부 섬"을 찾았다. 얼마 전 큰 사건이 일어나지 않았던 평화로운 섬에서 이들은 주재 영웅으로서 섬사람들의 생활을 도우며 분주했고, 그러면서도 한가한 시간을 보내고 있었다. 그러나 그 정적을 부수듯이, 갑자기 빌런들이 나부 섬을 덮쳐, 차례차례로 섬의 시설을 파괴해 간다. 그들을 지휘하는 것은, "나인". 그날 밤, 눈을 뜬 "뭔가"그 자체였다. 이즈쿠와 바쿠고 등의 1학년 A반의 멤버는 힘을 모아 빌런에 맞선다! 과연 섬을 덮치는 나인의 목적이란!? 그리고 이즈쿠 일행의 1학년 A반의 "뉴 히어로"들은 이 가장 흉악한 빌런으로부터 섬의 사람들을 지킬 수 있을까!?
모두가 ‘개성’이라는 초능력을 가진 세계, 여기에 ‘무개성’의 소년이 있었다! 하지만 소년은 ‘개성’ 대신 히어로가 될 조건을 가지고 있었는데… NO.1 히어로 ‘올마이트’의 뒤를 잇는 새로운 영웅 탄생! 개성이 없어도, 넌 세상을 빛낼 히어로가 될 수 있다! 5월 모두 다같이 입학~!
1920년 독일로 떨어진 에드워드는 연금술을 사용할 수 없게 되어, 로켓등의 기계문맹에 관심을 가지된다. 그런데 이곳(현실세계)에서 전설에 등장하는 샴발라라고 불리는 에드의 세계로 가기 위한 음모가 꾸며진다. 여러가지 우여곡절끝에 결국 에드는 아보지 호엔 함임을 연성하고 알은 살아남은 호문크루스인 롸스와 그라토니를 연성하여 문을 열게되는데...
2012년 12월 도쿄. 해질녘까지 남아 이야기를 나누던 카미나 아야토와 미시마 하루카. 그들이 있는 교실에 편지를 손에 숨긴 아사히나 히로코가 들어온다. 하루카는 가족들과 만나 도쿄를 벗어난다. 그때, 기묘한 돔 형태의 반구가 나타나 도쿄를 뒤덮는다. 아야토의 상태가 걱정되는 하루카는 아야토의 이름을 부르짖지만 이미 도쿄는 격리되어버렸다. 그로부터 3년 후. 아야토는 그전과 아무런 차이없는 생활을 보내고 있었다. 도쿄밖의 세상은 모두 멸망했는다는 이야기와 함께 하루카의 존재조차 까맣게 잊어만 갔다. 그런 평온한 매일이 지속되던 중, 정체를 알 수없는 괴물체가 도쿄를 공격한다. 공격을 피하며 도망치던 아야토의 앞에 하루카의 환영이 나타난다. 환영에 이끌려 도착한 곳에는 시토 하루카라는 이름의 소녀가 있었다. 아야토가 또다른 하루카와 만난 그 순간, 세상은 예상치 못한 방향으로 움직이기 시작한다.
기숙사제의 전문학교 오오토리 학원에 전학 온 텐죠 우테나는 교내에서 '장미의 신부'라고 불리우는 소녀 히메미야 안시와 만나게 되고, 그 때문에 학생들간의 결투에 휘말려든다. 우테나는 점점 안시와 가까워지지만 그럴 수록 안시가 감추고 있던 비밀을 하나 둘 알아가게 된다. 결국 우테나는 안시와 함께 '바깥세계'로 탈출하기로 결심하는데...
