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어느 날, 교도소가 폭파되는 사고가 발생하자 ‘에드’와 ‘알’ 형제는 그 곳으로 향하게 되고 거기서 ‘멜빈’이라는 탈옥수와 대치하게 된다. ‘멜빈’이 사용한 미지의 연금술로 인해 ‘에드’와 ‘알’은 그를 놓치게 되고, 신비로운 연금술의 비밀을 풀기 위해 이를 조사하던 중 ‘멜빈’에 대한 단서를 얻게 된다. 그러던 중 ‘멜빈’이 얼마 전 ‘아메스트리’라는 나라에 밀입국하려다 체포된 크레타인 ‘줄리아’와 관련이 있다는 사실을 알게 되자 그녀를 찾기 위해 ‘크레타’라는 나라와 국경을 접하고 있는 ‘테이블 시티’로 떠나게 되는데...
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돌연 현실세계에 리얼라이즈한 로코몬이 폭주한다. 그리고 하늘에 보이는 디지털 존. 로코몬의 목적은 폭주를 통해 시공을 비틀어 디지털 존을 여는 것이었다. 그리고 로코몬을 조종하는 건 다름아닌 패러사이몬. 패러사이몬이 로코몬에 기생한 이유는 로코몬으로 하여금 디지털 존을 열게 하여 그곳을 통해 자신이 리얼라이즈하는 것이 목적이었다. 그리하여 침략이 시작되고 궁극체로 변신한 주인공들이 싸우지만, 압도적인 물량에 의해 밀리기 시작한다. 질 수 없다고 결심한 타카토의 결심이 그라니를 불러와 듀크몬 크림슨 모드로 융합하고, 크림슨 모드의 공격 한방에 모든 패러사이몬들은 사라지고 로코몬은 디지털 세계로 돌아간다.
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여름방학. 타카토는 바쁜 부모님을 대신해 성묘하기 위해 혼자서 오키나와의 친척 집으로 향한다. 그런데 평화롭기만 한 오키나와에 흉악한 디지몬이 나타나고, 타카토와 사촌 카이는 디지몬에 습격당해 정신을 잃은 소녀 미나미를 구출한다. 흉악한 디지몬이 미나미를 노리는 이유는 무엇일까?
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뉴욕에 출현한 거대한 디지몬이 '선택받은 아이들'을 알 수 없는 세계로 끌고 간다. 거대 디지몬의 정체를 알고 있는 듯한 소년 워레스와 함께 '서머 메모리'라는 곳으로 향하는 다이스케 일행. 디지털 월드에는 또 무슨 일이 벌어진 것일까? 갇힌 아이들은 다시 원래 세계로 돌아갈 수 있을까?
