외계 생명체가 보낸 신호를 찾는 천문학자인 제인 지민스키는 어느날 전파 망원경으로 45초에 걸친 이상한 신호를 포착하고 외계인의 신호라고 보고하지만, 상부에서는 철저하게 무시한다. 지구에서 보낸듯한 또다른 신호를 따라 멕시코로 간 그는 지구 식민지를 세우려는 외계인들의 기지를 발견한다. 하지만 그는 혼자이며 주변의 어느 누구도 믿을수 없는 상황에 놓이고 마는데...
인간의 뇌파를 마음대로 조정하는 기계를 발명한 니그마(짐 캐리)가 기계의 실용화 자금을 요구하나 웨인 그룹의 회장 부르스 웨인(발 킬머)으로부터 거절당한다. 앙심을 품은 니그마는 회사 상사를 살해한 뒤 자살로 위장한다. 그러던 중 서커스장에 나타나 배트맨이 누군지 밝히지 않으면 시한폭탄을 터트린다며 위협하는 하비(토미 리 존스)를 보고 하비를 찾아가 배트맨을 잡아줄테니 대신 자신이 발명한 기계를 실용화시킬 자금을 마련하기 위해 같이 도둑질을 해달라고 한다. 한편 어렸을 때 양친의 살해 장면을 목격한 부르스 웨인은 성인이 된 지금도 그 기억들로 고통을 받자 머리디언 박사(니콜 키드먼)를 찾아가 상담을 받는데...
