국제테러범 야파가 검거되고 10일 후 영국의 한 호텔이 폭파된데 이어 민간 비행기가 테러범들에 의해 장악된다. 이에 정보분석가 그랜트 박사는 테러범들의 두목 나지 핫산이 신경가스 DZ-5를 가지고 있을 가능성이 높고, 그럴 경우 여객기 몸체가 곧 핵폭탄과 같다는 의견을 낸다. 이에 테러리스트 전담 특전단의 지휘관 오스틴 트래비스는 군사기에만 테스트해 보았던 공중 도킹술을 이용, 비행기 내부에 잠입하자는 의견을 내고 도킹 전문가 케이힐과 그랜트 박사의 동행을 요청한다. 그리고 실험용 스탤스기에는 특전요원 레스 캐피, 루이 베이커와 케이힐, 그랜트 박사, 오스틴 중령이 탑승하고 임무에 돌입한다.
어느날 호주 푸에르토리코의 아레시보에 위치한 거대한 전파기지에 외계로부터 발신된 메시지가 도착한다. 메시지는 두가지인데, 첫번째는 오염물질을 배출하지 않으면서 메탄을 대체 에너지로 변화시킬 수 있는 획기적인 방법에 대한 정보였고, 두 번째는 외계 생물의 DNA를 합성할 수 있는 공식이었다. 메시지가 우호적이라 판단된 미국 정부는 DNA합성에 관한 메시지를 가지고 비밀리에 실험에 착수한다. 그 결과 반인간 반외계인인 아기가 탄생하고, 실(Sil)이란 코드네임을 부여받는다. 그러나 뭔가 씰 자신이 능력을 보이지 않고 있는 낌새에다가 비정상적으로 급속한 세포 증식의 속도 등 위험 요소가 다분하다고 느낀 실험진에서는 씰(Young "Sil": 미쉘 윌리암스 분)을 완전히 제거하려 한다. 그러나 예상과 달리 소녀는 가스에 의해 죽기는 커녕 힘이 엄청나게 세져서 방탄 벽을 뚫고 달아나게 된다. 그에 따라 씰을 추적하기 위해 연방의 특수추적 전문가 프레스 팰리(Preston Lennox: 마이클 매드슨 분)와 심령술사, 분자생물학자 등으로 이루어진 팀을 구성, 실을 제거하기 위한 추적에 나선다. 성숙한 여인("Sil": 나타샤 헨스트리지 분)이 된 씰은 어느날 그녀 앞에 나타난 임신한 여자를 보고 자신도 임신하기를 원한다. 특수요원들이 자신을 추적하고 있음을 감지하면서도 씰은 남자를 찾아 다니며 마음에 안드는 사람은 모두 잔인하게 살해한다. 마침내 추적팀의 한 대원과 관계를 맺은 씰은 지하로 숨어들어 부화를 하게 되고 추적팀은 그들을 막기 위해 하수구로 들어가게 된다. 씰은 결국 기름 구덩이에 빠져 죽게 되지만 씰의 몸에서 떨어져나간 신체 일부가 추적팀이 사리진 뒤 쥐와 합성되어 새로운 쥐가 나타나게 된다.
