달라스의 한 빌딩에서 이상한 폭발 사고가 발생한다. FBI의 특수 요원 멀더(데이빗 듀코브니 분)와 스컬리(질리안 앤더슨 분)는 폭발 사고를 조사하던 중 이해 할 수 없는 여러 의문점과 함께 알 수 없는 어떤 거대한 세력이 폭발 사고에 연류되어 있다는 사실을 감지하게 된다. 한편 텍사스 평원에서 한 아이가 땅속 구덩이 속으로 떨어지는 사고가 발생하는데 사고 후 아이의 생사와 존재에 대해서는 일체 알려지지 않았고, 사고 지점은 외부 세력으로부터 일반인에게서 격리된 채 무언가 알 수 없는 연구가 진행된다. 그러나 두 사람의 육감적인 느낌은 사건의 실마리를 얻게 되고 집요한 추적 끝에 은밀한 곳에서 외계인의 실체와 그들에게 감염된 사람들을 치료하기 위해 백신을 연구하는 시설을 발견하게 된다. 보이지 않는 세력에게 쫓기면서도 서로에게 의지하며 사건을 파헤치던 멀더와 스컬리는 점점 파트너 이상의 감정을 느끼게 되는데, 이때 거대한 벌떼의 습격으로 정신을 잃게된 스컬리는 정체 모를 집단에게 납치당한다. 이제부터 멀더는 스컬리의 생명을 구하고 정부의 감추어진 음모를 밝혀내야 하는 상황 속에서 멀더는 더 큰 음모와 위험한 모험 속으로 빠져들고 있음을 느낀다.
클레런스(크리스찬 슬레이터 분)는 사회에 잘 적응하지 못하고 겉도는 친구로 홍콩 액션 영화와 엘비스 프레슬리에 미쳐 있고 토요일 심야 영화에서 연속 3편씩 보는게 취미다. 어느날 우연히 아름답고 순진한 여성 알라바마(패트리시아 아퀘트 분)와 알게 되어 정체도 모른 채 데이트를 즐긴다. 그러나 알라바마는 클레런스가 다니는 직장의 사장이 돈을 주고 그를 유혹한 콜걸로 그녀 뒤에는 매춘과 마약조직의 드렉셀이 버티고 있다. 그러나 문제는 두 사람이 데이트에서 사랑을 느꼈고, 결국 클레런스는 악당 드렉셀(게리 올드만 분)을 상대로 싸울 결심을 한다. 그러나 드렉셀은 별볼일 없는 졸개였고 그뒤에는 엄청난 조직의 거물이 도사리고 있어, 이 두 사람은 목숨을 건 일생일대의 모험을 하게 되는데...
