빅터 로사는 뉴욕 사우스 브롱크스에서 어린 시절부터의 친구들인 지미, 체다 제이 등과 함께 10년 째 마약 딜러로 살아가고 있다. 어느 날 자신의 구역을 침범한 티토와 맞서게 되고, 그 와중에 티토의 아이를 죽이게 되자 자책감에 시달린다. 그러던 중 약혼녀 카르멘의 임신 사실을 알게 되고 이 일을 계기로 그는 뒷골목 인생을 청산하고 새로운 삶을 찾을 결심을 한다. 때마침 약혼녀를 통해 알게 된 월 스트리트 브로커 잭 윔머가 사업투자를 제안하게 되고 빅터는 그와 손잡고 새로운 사업을 시작한다. 사업은 처음에는 척척 진행되는 듯 보였지만, 잭은 빅터에게 갈 수록 거액의 투자금을 요구하고 결국 빅터는 사우스 브롱크스의 마약 총공급책인 조안나로부터 거금을 빌리기에 이르는데...
뉴욕 경찰 에드워드는 용의자를 추적 중 그가 건물을 기어오르고 허공을 떠오르는 등의 장면을 목격한다. 용의자는 지구가 멸망할 것이라 주장하며 투신 자살을 하고 에드워드는 검은 양복을 입은 MIB요원 캐이를 만난다. 캐이는 에드워드의 탁월한 능력을 알아차리고 그를 비밀 요원으로 발탁한다. MIB는 지구인의 모습으로 살고 있는 외계인들을 감시하고 외계인의 정체를 보호하며 혹시라도 일반인이 그들이 외계인임을 알아차리면 기억 말소 장치를 이용해 외계인들을 보호한다. 그러나 사악한 바퀴벌레 외계인 에드가가 지구에 침투해 오면서 이민외계인들은 불안해 하는 등 동요하기 시작한다. 이 때 지구를 방문한 외교 사절이 암살당하는 사건이 발생해 은하계가 전면전에 돌입하자 지구는 멸망의 위기에 처한다. 지구를 지키고 우주의 평화를 지키기 위해 에드워드와 케이는 에드가와의 결전을 준비하는데...
