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유레카가 랜턴을 만나기 위해 창조한 스카브 코랄 속 가상 세계가 붕괴하고, 가상 세계 속 인류가 지구에 모습을 드러낸 지 10년이 지났다. 가상 세계 속에서 나타난 인류 '그린어스'와 이전부터 현실에 있던 인류 '블루어스'가 각지에서 충돌을 반복하는 가운데, 혼란을 만들어 낸 원흉인 유레카는 속죄를 위하여 국제연합군 독립사단 무임소 부대 아시드의 전투 요원이 되어 세계 평화를 위해 싸우고 있었다. 그런 그녀에게, 스카브 코랄 창조 능력을 지닌 새로운 EUREKA '아이리스'를 보호하라는 명령이 떨어진다. 한편, 그린어스군 근위기병단 부대장인 듀이 노바크 대령은 동료들과 함께 궐기, 아이리스를 납치하여 대규모 테러를 일으키려 하는데...
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눈이 계속 내리는 겨울 어느 밤, 히어로 사회를 파괴하려고 계획하는 시가라키 토무라가 인솔하는 빌런 연합과 그 움직임을 사전에 포착한 히어로들의 전투가 전개되는 가운데, 남모르게 조용히 꿈틀거리는 "뭔가"가 일어나고, 그 자리를 떠났다. 마침 이즈쿠 일행의 유에이 고교 히어로과 1학년 A반이 은퇴한 No.1 히어로 올마이트의 뒤를 이어 "차세대 영웅 육성 프로젝트"의 일환으로 학급 전원에서 기간 한정의 교외 히어로 활동을 위해 일본의 훨씬 남쪽에 위치한 외딴 섬 "나부 섬"을 찾았다. 얼마 전 큰 사건이 일어나지 않았던 평화로운 섬에서 이들은 주재 영웅으로서 섬사람들의 생활을 도우며 분주했고, 그러면서도 한가한 시간을 보내고 있었다. 그러나 그 정적을 부수듯이, 갑자기 빌런들이 나부 섬을 덮쳐, 차례차례로 섬의 시설을 파괴해 간다. 그들을 지휘하는 것은, "나인". 그날 밤, 눈을 뜬 "뭔가"그 자체였다. 이즈쿠와 바쿠고 등의 1학년 A반의 멤버는 힘을 모아 빌런에 맞선다! 과연 섬을 덮치는 나인의 목적이란!? 그리고 이즈쿠 일행의 1학년 A반의 "뉴 히어로"들은 이 가장 흉악한 빌런으로부터 섬의 사람들을 지킬 수 있을까!?
