외계 세력이 지구를 침공한 지 10년 후, 모든 시스템을 점령한 그들은 인간에게 버그를 삽입하여 통제한다. 외계 세력에 협력하며 반란군을 색출하던 특수 경찰 ‘윌리엄 멀리건’은 저항 세력의 리더 ‘라파엘’의 동생 ‘가브리엘’을 감시하던 중 외계 정부를 전복시키려는 대규모 반란의 낌새를 알아채 게 되는데…
'프린세스 시드'는 시카고에 사는 친척이자 저명한 소설가인 미란다와 함께 여름을 보내는 16살짜리 운동선수, 시드 러플린을 따라간다. 우울증에 걸린 채 홀로 아이를 키운 아버지에게서 벗어나는 것이 마냥 즐거운 시드는 한 이웃 소녀에게 반한다. 미란다와 시드는 서로의 생각과 믿음에 의문을 제기하며, 함께 ‘성(Sex)과 영(Spirituality)의 세계’를 탐구하기 시작한다.
홍콩 출장에서 돌아온 베스(기네스 팰트로)가 발작을 일으키며 사망하고 그녀의 남편(맷 데이먼)이 채 원인을 알기 전에 아들마저 죽음을 당한다. 얼마 지나지 않아 세계 각국의 사람들이 같은 증상으로 사망한다. 일상생활의 접촉을 통해 이루어진 전염은 그 수가 한 명에서 네 명, 네 명에서 열 여섯 명, 수백, 수천 명으로 늘어난다. 한편, 미국 질병통제센터의 치버 박사(로렌스 피시번)는 경험이 뛰어난 박사(케이트 윈슬렛)를 감염현장으로 급파하고 세계보건기구의 오란테스 박사(마리옹 꼬띠아르)는 최초발병경로를 조사한다. 이 가운데 진실이 은폐됐다고 주장하는 프리랜서 저널리스트(주드 로)가 촉발한 음모론의 공포는 그가 운영하는 블로그를 통해 원인불명의 전염만큼이나 빠르게 세계로 퍼져가는데...