현실과 이웃하고 있지만 전혀 다른 또 하나의 세계 '니노쿠니' 고등학생인 유우와 친구 하루는 소꿉친구인 코토나를 둘러싼 사건을 계기를 두 세계를 넘나들게되는데.. 현실과 니노쿠니의 2명의 코토나의 생명에 위험이 동시에 다가오는 중, 3명과 '니노쿠니'를 둘러싼 "궁극의 선택"이란?
바람 축제에 온 지우와 피카츄. 이브이를 찾는 리사와 새로 만난 친구들과 함께 하던 중, 갑자기 모든 바람이 사라지고 정체를 알 수 없는 검은 연기가 마을을 뒤덮는다. 사람과 포켓몬 모두가 위험해질 위기가 찾아오자, 바람을 되찾기 위해 지우와 피카츄, 리사와 이브이, 라르고, 카가치, 히스이, 토리토의 모두가 함께하는 기적 같은 이야기가 시작된다.
포켓몬 트레이너의 자격을 얻을 수 있는 10살이 되는 아침을 맞이한 지우는 오박사 연구소에서 파트너 포켓몬을 받을 예정이었지만, 늦잠을 자게 되고 마지막으로 남아 있는 낯을 가리고 사람을 잘 안 따르는 포켓몬 피카츄와 파트너가 된다. 첫만남부터 티격태격하며 우정을 쌓아가던 중 우연히 전설의 포켓몬을 목격하게 된 지우와 피카츄는 다시 한번 전설의 포켓몬을 찾아 떠나기로 약속하는데...
