Set during the declining years of the Tokugawa shogunate, Shadow Hunters details the questionably noble exploits of three ronin who act as "Shadow Hunters". These three ronin are not your normal ornery ruffians who are looking for a drink, a broad and someone to jab a sword into, but are in fact former samurai who, rather than follow their destroyed fiefs and murdered masters into death via seppuku, have dedicated their combined sword prowess to stopping the government from raping its daimyos for valuable resources.
여행사에 근무하는 하마지마는 결혼 10년차로 아이는 없고 아내와의 생활은 습관적이며 무미건조하기만 하다. 어느 날 퇴근길 버스에서 어린 시절 같은 동네에서 지내던 야스코라는 여인을 우연히 만나게 되고, 아내에게서는 볼 수 없는 그녀의 다정함에 점점 빠지게 된다. 한 편 야스코에게는 켄이치라는 6살 된 아들이 있었고 하마지마는 켄이치와 친해지기 위해 부단히 노력한다. 그러나 켄이치를 대할수록 묘한 동질감과 더불어 이상한 두려움도 느끼게 되는데...
