넘치는 유머, 감쪽 같은 위장술, 똑소리 나는 브레인! 날 때부터 남달랐던 악동 펭귄 스키퍼, 코왈스키, 리코, 프라이빗! 어느 날 그들 앞에 복수심에 불타는 문어박사 옥토브레인이 나타나고, 그의 거대한 음모를 알게 된 펭귄 4총사는 비밀 조직 ‘노스윈드’와 함께 세상을 구할 사상 최대의 작전을 펼치는데…!
1607년 젊은 미남 선장 존 스미스는 황금에 눈 먼 총독 랫클리프와 신대륙을 향해 모험을 떠난다. 신대륙에 도착한 존 스미스는 미지의 세계에 대한 정열로 채굴광 부근 숲 속으로 정찰을 나간다. 한편 원주민 추장 포와탄의 딸인 포카혼타스는 아버지가 전사 코코움과 혼인을 맺어주려 하자 인생의 중요한 해답을 찾기 위해 버드나무 할머니를 찾아간다. 그곳에서 포카혼타스는 존 스미스를 만나게 된다. 서로 사랑에 빠진 두 사람의 관계와는 달리 포와탄 부족과 개척자의 관계는 계속 나빠진다. 그러던 어느날 코코움이 개척자에게 사살되고 그 장소에 있던 존 스미스는 부족에게 잡혀가게 되는데...
