Justine Hebron

1776년, 미국 사우스 캐롤라이나. 오랬동안 지속되었던 영국과 프랑스의 식민지 쟁탈전쟁동안 '늪속의 여우'라고 불리우며 프랑스군이나 인디언들을 공포로 몰아넣었던 전설적인 전쟁영웅 벤자민 마틴은 이제 피로 얼룩진 자신의 과거를 뒤로하고 가족의 평화만을 위해 살기로 다짐한다. 사랑스러운 아내가 산고로 죽고 일곱명의 아이들을 키우는데 전부를 투자하며 보낸 시간도 잠시. 벤자민처럼 조국을 위해 몸을 바쳤던 식민지 개척자들이 영국 정부의 폭압에 맞서 독립전쟁을 시작하고, 북부에서 시작한 독립혁명의 불길은 남쪽으로 내려온다. 찰스턴 집회에서 식민지 개척자들은 전쟁영웅인 벤자민에게 전쟁에 참여할 것을 요구하지만 이미 자신의 아이들에게 모든 열정을 바치기로 마음먹은 벤자민은 "나는 일곱명의 아이들이 있고 내 아내는 죽었소. 내가 전쟁에 나가면 누가 이 아이들을 돌보죠?"라며 이를 거절한다. 그 와중에 벤자민의 큰 아들로서 이상주의적 독립지지자인 가브리엘이 아버지에 대한 열등감과 젊은 혈기로 독립전쟁에 참전한 후 부상을 입고 집으로 피신하는데, 악명높은 영국군의 윌리엄 태빙턴 대령의 군대가 집을 습격하여 벤자민의 둘째아들을 죽이고 가브리엘을 납치한다. 이에 벤자민은 결국 자신의 가족을 보호하기 위해서는 미국의 독립과 자유를 위해 싸우는 길 밖에 없음을 깨닫고, 혁명군을 위해 총을 잡는다.

인류학자 케일(Dr. Steven Cale: 에릭 스톨츠 분)은 다큐멘터리 영화 연출팀과 함께 신비의 부족으로 알려진 아마존의 쉬리샤마 족을 찾아 나선다. 케일의 연인이자 다큐필림 연출가인 테리(Terri Flores: 제니퍼 로페즈 분)와 촬영기사 대니(Danny Rich: 아이스 쿠브 분), 음향기사 게리(Gary Dixon: 오웬 윌슨 분) 그리고 리포터인 웨스트리지(Warren Westridge: 조나단 하이드 분)도 같은 배에 동승하고 있다. 안개(Mist) 부족으로 통하는 쉬리샤마족은 아나콘다라는 거대한 뱀을 위협적인 존재이자 신의 파수꾼으로 신봉하는 부족이다. 이들을 찾아 아마존으로 항해하던 케일 일행은 폭우가 쏟아지던날 밤 난파 된 보트에서 구조를 요청하는 샤론(Paul Sarone: 존 보이트 분)을 만나게 된다. 아마존 오지의 지리는 물론 쉬리샤마 부족에 대하여 잘 알고 있는 샤론은 자신을 살려준 대가로 이들의 가이드를 자청한다. 이때부터 이들에겐 의문의 사고가 발생하기 시작한다. 케일이 잠수 도중 장수말벌을 삼켜 질식사 할 뻔하다가 샤론의 응급조치로 구사일생으로 살아나고 선장이었던 마테오(Mateo: 빈센트 캐스텔라노스 분)는 종적도 없이 사라져 버린다. 과연 샤론의 정체는 무엇일까? 그는 전문 밀렵꾼이며 뱀 수집가로 100만 달러이상의 돈벌이가 되는 아나콘다를 찾아 이들과 합류했던 것이다. 그러나 샤론의 음모와 정체를 알게 되었을 때 그들은 이미 아나콘다의 근거지에 들어선 상태였다. 거대한 아나콘다의 위협이 서서히 다가오는 가운데 샤론은 게리의 동조로 배의 실권을 쥐게 되고, 아나콘다를 생포하려는 샤론에 의해 게리와 그의 연인인 데니스(Denise Kalber: 카리 살린 분)는 아나콘다의 희생양이 되고 만다. 아나콘다의 끔직스런 육식현장을 목격하게 된 테리는 엽총으로 아나콘다를 사살하지만 이들은 이 아나콘다보다 더 잔인스럽고 음흉한 샤론과 위협적이고 사나운 수컷 아나콘다와 또다시 마주하게 되는데.